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- PDB-5bon: Crystal structure of human Nudt15 (MTH2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bon
タイトルCrystal structure of human Nudt15 (MTH2)
要素Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
キーワードHYDROLASE / Nudix / MTH2 / dimer / Nudt15 / Magnesium / Nucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / DNA protection / Azathioprine ADME / xenobiotic catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / response to reactive oxygen species / mitotic cell cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Carter, M. / Jemth, A.-S. / Helleday, T. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
The Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystal structure, biochemical and cellular activities demonstrate separate functions of MTH1 and MTH2.
著者: Carter, M. / Jemth, A.S. / Hagenkort, A. / Page, B.D. / Gustafsson, R. / Griese, J.J. / Gad, H. / Valerie, N.C. / Desroses, M. / Bostrom, J. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
B: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
C: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
D: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
E: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
F: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
G: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
H: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,85840
ポリマ－149,0808
非ポリマー77832
水20,0151111
1
A: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
B: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,46410
ポリマ－37,2702
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
2
C: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
D: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,46410
ポリマ－37,2702
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
3
E: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
F: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,46410
ポリマ－37,2702
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
4
G: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
H: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,46410
ポリマ－37,2702
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.830, 71.676, 82.768
Angle α, β, γ (deg.)90.07, 90.04, 73.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15 / 8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / ...8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15


分子量: 18635.002 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, 8-oxo-dGTP diphosphatase
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Full length NUDT15 (20 mg/ml) was crystallized in the presence of alpha-Chymotrypsin (0.2 mg/ml) in 20 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, and 1 mM TCEP. Sitting drop vapour ...詳細: Full length NUDT15 (20 mg/ml) was crystallized in the presence of alpha-Chymotrypsin (0.2 mg/ml) in 20 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, and 1 mM TCEP. Sitting drop vapour diffusion experiments at 18 degrees C were performed, and NUDT15 was mixed with reservoir solution (30% PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.5, and 0.05 M MgCl) in a 1:1 or 1:2 ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.5 Å / Num. obs: 118878 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 28.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 12.95
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1631精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZR0

3zr0


解像度: 1.799→47.598 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 5943 5 %Random selection
Rwork0.1927 ---
obs0.194 118828 95.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→47.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9894 0 32 1111 11037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93213938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6076195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.799-1.81950.32711810.33313430X-RAY DIFFRACTION89
1.8195-1.84090.34872010.32493827X-RAY DIFFRACTION95
1.8409-1.86330.31511920.31053651X-RAY DIFFRACTION96
1.8633-1.88690.30552010.29043804X-RAY DIFFRACTION95
1.8869-1.91170.29451930.2853673X-RAY DIFFRACTION95
1.9117-1.93790.31211990.27263782X-RAY DIFFRACTION95
1.9379-1.96560.32211980.27463755X-RAY DIFFRACTION96
1.9656-1.9950.30861970.26063741X-RAY DIFFRACTION96
1.995-2.02610.28081990.24083791X-RAY DIFFRACTION96
2.0261-2.05930.29261950.23483692X-RAY DIFFRACTION95
2.0593-2.09490.25452000.22343810X-RAY DIFFRACTION95
2.0949-2.13290.23531960.22053724X-RAY DIFFRACTION95
2.1329-2.1740.2491980.21763752X-RAY DIFFRACTION95
2.174-2.21830.24781940.21043693X-RAY DIFFRACTION96
2.2183-2.26660.26722020.20673833X-RAY DIFFRACTION96
2.2666-2.31930.25471970.21213753X-RAY DIFFRACTION96
2.3193-2.37730.26022000.20183799X-RAY DIFFRACTION96
2.3773-2.44160.22861990.20393779X-RAY DIFFRACTION96
2.4416-2.51340.24751990.20143769X-RAY DIFFRACTION97
2.5134-2.59450.26062000.20983802X-RAY DIFFRACTION96
2.5945-2.68730.24421970.20523755X-RAY DIFFRACTION96
2.6873-2.79480.26362030.20673849X-RAY DIFFRACTION97
2.7948-2.9220.24222000.20563792X-RAY DIFFRACTION97
2.922-3.07610.24452020.2063851X-RAY DIFFRACTION97
3.0761-3.26870.20922010.19043816X-RAY DIFFRACTION97
3.2687-3.5210.21352010.18393809X-RAY DIFFRACTION97
3.521-3.87520.18141980.16293778X-RAY DIFFRACTION96
3.8752-4.43560.15912010.14483819X-RAY DIFFRACTION97
4.4356-5.58710.15882020.14893827X-RAY DIFFRACTION97
5.5871-47.61420.16961970.15653729X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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