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万見
- PDB-2zgk: Crystal structure of wildtype AAL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zgk
タイトルCrystal structure of wildtype AAL
要素Anti-tumor lectin
キーワードHYDROLASE / galectin / jelly roll / Apoptosis / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / polysaccharide binding / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Agrocybe aegerita (菌類)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, N. / Li, D.F. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the tumor cell apoptosis-inducing activity of an antitumor lectin from the edible mushroom Agrocybe aegerita
著者: Yang, N. / Li, D.F. / Feng, L. / Xiang, Y. / Liu, W. / Sun, H. / Wang, D.C.
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-tumor lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9781
ポリマ－16,9781
非ポリマー00
水00
1
A: Anti-tumor lectin

A: Anti-tumor lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9562
ポリマ－33,9562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.040, 124.040, 56.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Anti-tumor lectin / AAL


分子量: 16977.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrocybe aegerita (菌類) / 組織: fruiting body
参照: UniProt: Q6WY08, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
配列の詳細THIS SEQUENCE IS ALLELE OF UNP Q6WY08.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% glycerol, 1.7M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 5791 / Num. obs: 5762 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / Num. unique all: 543 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→41.85 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 573 -random
Rwork0.253 ---
obs0.282 5400 98.2 %-
all-5498 --
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 0 0 1199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.039
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 54 -
Rwork0.34 --
obs-463 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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