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- PDB-7b2h: Crystal structure of the methyl-coenzyme M reductase from Methano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2h
タイトルCrystal structure of the methyl-coenzyme M reductase from Methanothermobacter Marburgensis derivatized with xenon
要素(Methyl-coenzyme M reductase I subunit ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / Ethyl-CoM reductase / Methyl-CoM reductase / xenon-derivatization / F430-cofactor / post-translational modification / coenzyme M / coenzyme B / thermophile / archaea.
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain ...Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Coenzyme B / XENON / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N. / Engilberge, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC-2077 390741603 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a key enzyme for anaerobic ethane activation.
著者: Hahn, C.J. / Lemaire, O.N. / Kahnt, J. / Engilberge, S. / Wegener, G. / Wagner, T.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
C: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
D: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
E: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
F: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,58657
ポリマ－273,4296
非ポリマー6,15751
水13,908772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60350 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area57630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.719, 116.386, 123.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Methyl-coenzyme M reductase I subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / MCR I alpha / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase alpha


分子量: 60637.648 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: The alpha subunit contains six modified amino acids near the active site region. Methylated His-257, Arg-271, Gln-400 and Cys-452. A thioglycine at position 445, forming a thiopeptide bond. A ...詳細: The alpha subunit contains six modified amino acids near the active site region. Methylated His-257, Arg-271, Gln-400 and Cys-452. A thioglycine at position 445, forming a thiopeptide bond. A didehydroaspartate residue at position 450. A methylated Arg-271
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: /
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
組織: /
参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / MCR I beta / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase beta


分子量: 47279.676 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: /
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
組織: /
参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma / MCR I gamma / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase gamma


分子量: 28797.234 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: /
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
組織: /
参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 12種, 823分子

#4: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#5: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#11: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#14: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 % / 解説: Butterfly intense yellow color
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Crystal was obtained under aerobic condition using a crystallisation reservoir containing 27.5 % (v/v) polyethylene glycol 400, 100 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid ...詳細: Crystal was obtained under aerobic condition using a crystallisation reservoir containing 27.5 % (v/v) polyethylene glycol 400, 100 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) pH 7.5, 250 mM MgCl2, 200 mM NaCl and 20 mM 2-oxoglutarate. The protein sample was in 25 mM Tris-HCl pH 7.6, 10% glycerol and 2 mM DTT at a protein concentration of 25 mg ml-1.
PH範囲: 7 - 8 / Temp details: /

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.17 Å / Num. obs: 116190 / % possible obs: 89.36 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0902 / Rpim(I) all: 0.03796 / Rrim(I) all: 0.09807 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル解像度: 2.12→2.198 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.173 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 7094 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.6248 / Rrim(I) all: 1.339 / % possible all: 54.62

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A0Y

5a0y


解像度: 2.12→48.17 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Riding hydrogens were added for the last refinement cycles but omitted in the deposited model
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 11331 5.01 %
Rwork0.1772 214664 -
obs0.1786 116155 88.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.21 Å2 / Biso mean: 50.839 Å2 / Biso min: 22.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18937 0 282 775 19994
Biso mean--51.79 51.89 -
残基数----2465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.12-2.150.31891730.34513238341140
2.15-2.170.36062240.32474204442852
2.17-2.20.31022710.31545112538362
2.2-2.230.30333340.28716376671079
2.23-2.250.32023460.29986479682580
2.25-2.290.28653640.29066826719084
2.29-2.320.31753730.26447064743787
2.32-2.350.28453760.25317120749688
2.35-2.390.25453870.24327291767889
2.39-2.430.26373740.24027205757990
2.43-2.470.23623950.22417517791291
2.47-2.520.2523900.20667384777492
2.52-2.560.2283980.20327518791692
2.56-2.620.22633980.19897472787093
2.62-2.670.233970.20277545794293
2.67-2.740.21064040.18777650805493
2.74-2.80.20154000.18377565796594
2.8-2.880.2083960.18657593798994
2.88-2.960.21174090.17117739814895
2.96-3.060.18324050.17497674807995
3.06-3.170.20464070.17567734814195
3.17-3.30.17554060.16767725813195
3.3-3.450.2054080.16447747815595
3.45-3.630.19614100.14977726813695
3.63-3.850.15914090.14197819822896
3.85-4.150.17484090.13487733814296
4.15-4.570.14794110.13577848825996
4.57-5.230.16674080.14627867827597
5.23-6.590.20154250.1767928835398
6.59-48.170.24034240.19647965838998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9668 Å / Origin y: 39.188 Å / Origin z: -32.4923 Å
111213212223313233
T0.2249 Å2-0.0038 Å2-0.0125 Å2-0.1956 Å2-0.006 Å2--0.2511 Å2
L0.4943 °20.1718 °2-0.0936 °2-0.3911 °2-0.1235 °2--0.7083 °2
S0.0005 Å °-0.0507 Å °0.0304 Å °-0.0506 Å °0.031 Å °0.05 Å °0.032 Å °-0.0542 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 550
2X-RAY DIFFRACTION1allA554 - 901
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 501
4X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 249
5X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 549
6X-RAY DIFFRACTION1allD552 - 801
7X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 501
8X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 250
9X-RAY DIFFRACTION1allF301 - 401
10X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 963
11X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 16
12X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 14
13X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 3
14X-RAY DIFFRACTION1allJ1
15X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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