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万見
- PDB-7ar4: Crystal structure of beta-catenin in complex with cyclic peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ar4
タイトルCrystal structure of beta-catenin in complex with cyclic peptide inhibitor
要素
  • Cadherin-1
  • Catenin beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signaling / Peptide Inhibitor / Protein-Peptide Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development ...uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / salivary gland cavitation / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / Regulation of CDH11 function / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Adherens junctions interactions / Specification of the neural plate border / embryonic axis specification / endodermal cell fate commitment / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / Degradation of the extracellular matrix / beta-catenin-TCF complex / lens morphogenesis in camera-type eye / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / positive regulation of cell-cell adhesion / acinar cell differentiation / Integrin cell surface interactions / dorsal/ventral axis specification / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / lateral loop / regulation of neuron migration / Formation of the nephric duct / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of endothelial cell differentiation / establishment of blood-retinal barrier / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / lung epithelial cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / regulation of calcium ion import / positive regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cranial skeletal system development / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / endothelial tube morphogenesis / presynaptic active zone cytoplasmic component / trophectodermal cell differentiation / detection of muscle stretch / smooth muscle cell differentiation / histone methyltransferase binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / alpha-catenin binding / epithelial cell morphogenesis / flotillin complex / establishment of blood-brain barrier / Germ layer formation at gastrulation / Schmidt-Lanterman incisure / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / male genitalia development / fascia adherens / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Beta-catenin / Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadherin-1 / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wendt, M. / Pearce, N.M. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Bicyclic beta-Sheet Mimetics that Target the Transcriptional Coactivator beta-Catenin and Inhibit Wnt Signaling.
著者: Wendt, M. / Bellavita, R. / Gerber, A. / Efrem, N.L. / van Ramshorst, T. / Pearce, N.M. / Davey, P.R.J. / Everard, I. / Vazquez-Chantada, M. / Chiarparin, E. / Grieco, P. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02021年6月16日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Catenin beta-1
PaP: Cadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4014
ポリマ－60,1282
非ポリマー2742
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.380, 85.620, 142.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 58412.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド Cadherin-1 / ARC-1 / Epithelial cadherin / E-cadherin / Uvomorulin


分子量: 1714.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P09803
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 4% PEG6000, 20 mM TRIS, 150 mM NaCl, 0.5 % Glycerol, 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979507 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979507 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→85.62 Å / Num. obs: 27652 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.36 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 12.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 14.23 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 2886 / CC1/2: 0.584 / Rrim(I) all: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JDH

1jdh


解像度: 2.6→85.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 25.261 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 1380 5.001 %
Rwork0.2026 26216 -
all0.205 --
obs-27596 99.975 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 72.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å20 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→85.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 0 16 46 4079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.6375560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2241.5729237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6355523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32622195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97315727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.23854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1470.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21942
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1650.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.240.24
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0970.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3125.6842107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3125.6862108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2018.5242632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1818.522630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4165.9751988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4165.9771989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4068.8672927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4058.8682928
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.46369.7744536
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.46669.784536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.6-2.6680.371990.35818880.35919870.560.5861000.351
2.668-2.7410.333980.32318630.32419610.7350.7271000.309
2.741-2.820.336960.29118140.29319110.7470.81899.94770.263
2.82-2.9070.37910.26817360.27218290.8050.86999.89060.232
2.907-3.0020.258910.25617230.25618140.8880.8881000.219
3.002-3.1070.333870.24116420.24617290.90.91000.204
3.107-3.2240.271840.22116030.22316880.8920.93199.94080.185
3.224-3.3560.234810.2215310.22116120.9260.9291000.184
3.356-3.5050.323780.22114850.22615630.8820.9161000.191
3.505-3.6750.227750.214260.20215020.930.93899.93340.173
3.675-3.8740.222720.19313510.19414230.9350.951000.175
3.874-4.1080.213670.18912820.1913490.9350.9511000.174
4.108-4.3910.2630.18412100.18512730.9580.9571000.176
4.391-4.7420.195600.17311380.17411980.9620.9621000.167
4.742-5.1930.298540.18910520.19311060.9170.9521000.18
5.193-5.8030.293500.2419470.2439980.9260.94699.89980.227
5.803-6.6960.293460.2268550.239010.9350.9481000.22
6.696-8.1880.21370.1577300.1597670.9660.9731000.165
8.188-11.5270.123310.1095810.116120.9860.9871000.131
11.527-85.620.252200.2183590.223800.9790.9699.73680.246
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48790.08250.0360.753-1.15982.44420.0242-0.07690.06-0.0278-0.03280.0410.13850.01320.00870.13260.00090.00730.2705-0.01070.01337.402-9.892-20.892
29.20675.0958-3.2145.2783-6.20939.2099-0.31140.27380.6953-0.18410.23610.26420.0408-0.15120.07530.3666-0.00170.03570.39090.03160.29834.582-2.163-30.036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA144 - 665
2X-RAY DIFFRACTION2ALLPPP628 - 679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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