PDB-4bwe: Crystal structure of C-terminally truncated glypican-1 after cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bwe

タイトル

Crystal structure of C-terminally truncated glypican-1 after controlled dehydration to 86 percent relative humidity

要素

Glypican-1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEOGLYCAN / GLYCOSAMINOGLYCANS / HEPARAN SULFATE / GLYCOPROTEIN / HELICAL BUNDLE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein localization to membrane / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / myelin assembly / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / Schwann cell differentiation / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Awad, W. / Svensson Birkedal, G. / Thunnissen, M.M.G.M. / Mani, K. / Logan, D.T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Improvements in the order, isotropy and electron density of glypican-1 crystals by controlled dehydration.
著者: Awad, W. / Svensson Birkedal, G. / Thunnissen, M.M. / Mani, K. / Logan, D.T.

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bwe.cif.gz	678.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bwe.ent.gz	561.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4acrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ywt-3 4ad7-3 4acr-3 3odn-d 3oux-d 4ywt-1 1jpw-1 1qoy-d 1v18-d 4jbk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glypican-1

B: Glypican-1

C: Glypican-1

D: Glypican-1

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glypican-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glypican-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glypican-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Glypican-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.230, 166.720, 139.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glypican-1 / SECRETED GLYPICAN-1

分子量: 53714.855 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 24-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPC1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35052

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 13 % PEG 6000, 0.1 M TRIS-HCL PH 8 & 0.2 M CACL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→29.48 Å / Num. obs: 75752 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ACR

4acr

解像度: 2.46→29.476 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2804	3805	5 %
R_work	0.2287	-	-
obs	0.2313	75695	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12801	0	65	377	13243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	17863
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.171	4937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.4911	0.3718	132	0.32	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4911-2.5239	0.3732	121	0.3188	2588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5239-2.5584	0.3499	139	0.3058	2655	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5584-2.5949	0.287	152	0.2964	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5949-2.6336	0.361	122	0.2995	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6336-2.6748	0.3945	145	0.2941	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6748-2.7186	0.2929	126	0.2906	2623	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7186-2.7654	0.3015	131	0.276	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7654-2.8157	0.3188	142	0.2769	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8157-2.8698	0.3236	140	0.2692	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8698-2.9283	0.3348	158	0.2683	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9283-2.9919	0.3381	130	0.26	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9919-3.0615	0.2864	163	0.2536	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0615-3.1379	0.2784	154	0.2366	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1379-3.2227	0.2969	150	0.2409	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2227-3.3174	0.3232	148	0.2382	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3174-3.4243	0.2952	148	0.2287	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4243-3.5465	0.2589	133	0.2254	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5465-3.6883	0.3255	118	0.2343	2577	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6883-3.8558	0.2624	138	0.2115	2630	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8558-4.0586	0.2554	137	0.2095	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0586-4.3121	0.2306	163	0.191	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3121-4.6439	0.203	130	0.1701	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6439-5.109	0.2406	159	0.1799	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
5.109-5.8433	0.262	147	0.2081	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8433-7.3431	0.3029	153	0.2361	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
7.3431-29.4777	0.221	126	0.1808	2613	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5063	-1.4433	0.2938	2.6156	-0.3979	0.551	0.1242	0.1671	-0.1344	-0.129	-0.1415	-0.204	0.0709	0.0656	0.0481	0.384	0.0139	0.0835	0.2898	0.0633	0.3234	3.088	1.2397	-7.8449
2	3.2811	2.935	-0.2824	4.2071	-0.4913	0.7012	-0.008	-0.0559	0.2477	-0.0812	-0.0168	-0.1877	-0.1736	0.1069	0.0213	0.4178	-0.0377	0.0449	0.3673	0.0291	0.348	15.7961	5.0414	21.9083
3	2.1584	-1.4325	0.1705	3.2499	-0.2612	0.7151	0.1275	0.1282	-0.0721	-0.3475	-0.1082	-0.2677	0.0688	-0.0212	0.0014	0.2257	0.018	0.0586	0.2448	-0.0161	0.3697	25.9032	13.6583	61.4227
4	2.4774	1.5473	0.7388	2.0191	0.5144	0.9823	0.1599	-0.1837	-0.3128	0.096	-0.123	0.1077	0.1255	-0.1698	0.0071	0.1478	0.0396	0.003	0.1969	-0.0286	0.2794	38.7931	18.1155	90.8663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN D
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN C
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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