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- PDB-7ab8: Crystal structure of a GDNF-GFRalpha1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ab8
タイトルCrystal structure of a GDNF-GFRalpha1 complex
要素
  • GDNF family receptor alpha
  • Glial cell line-derived neurotrophic factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / VERTEBRATE DEVELOPMENT / PART OF THE RET-GFL-GFRA COMPLEX / NEUROTROPHIC FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / peristalsis / enteric nervous system development ...diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / peristalsis / enteric nervous system development / sympathetic nervous system development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / peripheral nervous system development / metanephros development / mRNA stabilization / neural crest cell migration / branching involved in ureteric bud morphogenesis / MAP kinase kinase kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / nervous system development / signaling receptor activity / protein-containing complex assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / external side of plasma membrane / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain ...Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GDNF family receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Adams, S.E. / Earl, C.P. / Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute10115 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A two-site flexible clamp mechanism for RET-GDNF-GFRα1 assembly reveals both conformational adaptation and strict geometric spacing.
著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh ...著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh / Francesca M Houghton / Svend Kjær / Neil Q McDonald /
要旨: RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET ...RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET stimulating its cytoplasmic kinase function. The principles for RET ligand-co-receptor recognition are incompletely understood. Here, we report a crystal structure of the cadherin-like module (CLD1-4) from zebrafish RET revealing interdomain flexibility between CLD2 and CLD3. Comparison with a cryo-electron microscopy structure of a ligand-engaged zebrafish RET-GDNF-GFRα1a complex indicates conformational changes within a clade-specific CLD3 loop adjacent to the co-receptor. Our observations indicate that RET is a molecular clamp with a flexible calcium-dependent arm that adapts to different GFRα co-receptors, while its rigid arm recognizes a GFL dimer to align both membrane-proximal cysteine-rich domains. We also visualize linear arrays of RET-GDNF-GFRα1a suggesting that a conserved contact stabilizes higher-order species. Our study reveals that ligand-co-receptor recognition by RET involves both receptor plasticity and strict spacing of receptor dimers by GFL ligands.
履歴
登録2020年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDNF family receptor alpha
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,91413
ポリマ－34,6482
非ポリマー1,26511
水3,945219
1
A: GDNF family receptor alpha
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子

A: GDNF family receptor alpha
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,82726
ポリマ－69,2974
非ポリマー2,53122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.067, 55.544, 70.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GDNF family receptor alpha


分子量: 23366.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: gfra1a, gfralpha1a / プラスミド: pBacPAK-LL-zGFRa1a1-352-3C-ProteinA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TT9
#2: タンパク質 Glial cell line-derived neurotrophic factor / zGDNF


分子量: 11281.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: gdnf / プラスミド: pBacPAK-LL-melittin-zGDNFmat.-3C-ProteinA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TU0

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 229分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG 20K, MeCN, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.78 Å / Num. obs: 25823 / % possible obs: 91.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05616 / Rpim(I) all: 0.05616 / Rrim(I) all: 0.07942 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3711 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique obs: 1368 / CC1/2: 0.797 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.3711 / Rrim(I) all: 0.5247 / % possible all: 53.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSdata processing
Cootモデル構築
STARANISOdata processing
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FUB

3fub


解像度: 2.2→50.76 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6954
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1152 4.85 %
Rwork0.199 22591 -
obs0.2006 23743 91.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2408 0 83 219 2710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74723429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.104982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.2598840.23331869X-RAY DIFFRACTION61.57
2.3-2.420.27651480.22322956X-RAY DIFFRACTION98.07
2.42-2.570.24961510.21543026X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.770.25551430.21452539X-RAY DIFFRACTION84.05
2.77-3.050.22791630.19883041X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.490.22011400.19952897X-RAY DIFFRACTION93.76
3.49-4.40.23641670.17722999X-RAY DIFFRACTION97.39
4.4-50.760.19241560.19263264X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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