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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a7n | |||||||||
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タイトル | rsGreen0.7b in the green-off state | |||||||||
![]() | Green fluorescent protein | |||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / Reversible photoswitchable fluorescent protein | |||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | De Zitter, E. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Function Dataset Reveals Environment Effects within a Fluorescent Protein Model System*. 著者: De Zitter, E. / Hugelier, S. / Duwe, S. / Vandenberg, W. / Tebo, A.G. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7a7kC ![]() 7a7lC ![]() 7a7mC ![]() 7a7oC ![]() 7a7pC ![]() 7a7qC ![]() 7a7rC ![]() 7a7sC ![]() 7a7tC ![]() 7a7uC ![]() 7a7vC ![]() 7a7wC ![]() 7a7xC ![]() 7a7yC ![]() 7a7zC ![]() 7a80C ![]() 7a81C ![]() 7a82C ![]() 7a83C ![]() 7a84C ![]() 7a85C ![]() 7a86C ![]() 7a87C ![]() 7a88C ![]() 7a89C ![]() 7a8aC ![]() 7a8bC ![]() 7a8cC ![]() 7a8dC ![]() 7a8eC ![]() 7a8fC ![]() 7a8gC ![]() 7a8hC ![]() 7a8iC ![]() 7a8jC ![]() 7a8kC ![]() 7a8lC ![]() 7a8mC ![]() 7a8nC ![]() 7a8oC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30685.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: gfp / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MMT pH 5.0 25 % PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月19日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→39.974 Å / Num. obs: 63701 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.33 Å2 / Biso mean: 16.2448 Å2 / Biso min: 0.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→39.974 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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