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- PDB-7a7k: rsEGFP in the green-on state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a7k
タイトルrsEGFP in the green-on state
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Reversible photoswitchable fluorescent protein
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者De Zitter, E. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders ベルギー
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Function Dataset Reveals Environment Effects within a Fluorescent Protein Model System*.
著者: De Zitter, E. / Hugelier, S. / Duwe, S. / Vandenberg, W. / Tebo, A.G. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P.
履歴
登録2020年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9283
ポリマ－30,7361
非ポリマー1922
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.477, 51.400, 47.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 30735.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM (NH4)SO4 100 mM Bis-trip pH 5.5 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.19 Å / Num. obs: 33023 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 122879
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.583.80.75116100.5580.4440.87699.9
8.49-47.193.40.0482230.9960.0280.05699.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.55 Å47.19 Å
Translation1.55 Å47.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.2.7データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.11精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EUL

4eul


解像度: 1.55→47.186 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1670 5.06 %
Rwork0.1686 --
obs0.1706 33005 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.91 Å2 / Biso mean: 24.0524 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→47.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 10 271 2146
Biso mean--36.43 34.34 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8832753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.791746
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.59560.31641210.301526202741100
1.5956-1.64710.321500.282825862736100
1.6471-1.7060.27491540.24372552270699
1.706-1.77430.27721470.223625842731100
1.7743-1.85510.24491490.186525792728100
1.8551-1.95290.20981560.180725922748100
1.9529-2.07520.22421230.169126382761100
2.0752-2.23540.19381360.1626032739100
2.2354-2.46040.19061290.162926272756100
2.4604-2.81640.21821370.167926192756100
2.8164-3.54820.20211210.154426412762100
3.5482-47.20760.17951470.14126942841100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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