PDB-7a1m: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-propyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a1m

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-propyl-2-oxoglutarate

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases.
著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	7a1jC 7a1kC 7a1lC 7a1nC 7a1oC 7a1pC 7a1qC 7a1sC 1h2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yci-1 5op8-1 4b7k-1 7a1k-1 4z2w-1 4ai8-1 3od4-1 5jwl-1 5jwk-1 6ha6-1 4z1v-1 6hkp-1 1h2n-1 1mzf-2 1mze-2 2w0x-1 2wa4-1 4bio-1 6hl5-1 2y0i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.954, 85.954, 148.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QVW / 3-propyl-2-oxoglutarate / (3~{S})-2-oxidanylidene-3-propyl-pentanedioic acid 分子量: 188.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.178→74.448 Å / Num. obs: 51777 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 25.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.99 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.178→2.216 Å / 冗長度: 24.2 % / R_merge(I) obs: 6.807 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1487 / CC_1/2: 0.414 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 2.18→56.29 Å / SU ML: 0.4303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.0748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	2487	4.8 %
R_work	0.2204	49290	-
obs	0.2216	51777	92.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→56.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2751	0	0	62	2813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	2866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5853	3909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9506	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.22	0.4816	137	0.4641	2712	X-RAY DIFFRACTION	92.23
2.22-2.22			0.4928	16	X-RAY DIFFRACTION	26.23
2.27-2.31	0.4468	154	0.3879	2814	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.31-2.37	0.3902	144	0.3635	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.37-2.43	0.3324	157	0.335	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.43-2.49	0.3607	127	0.3014	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.2858	153	0.2967	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.57-2.65	0.298	146	0.3015	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.3692	152	0.29	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.74-2.85	0.2885	141	0.2631	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-2.98	0.2772	147	0.2342	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.14	0.2671	158	0.2384	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.14-3.34	0.2497	145	0.2323	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.34-3.6	0.2546	120	0.2185	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.6-3.96	0.2245	131	0.1912	2509	X-RAY DIFFRACTION	84.91
3.96-4.53	0.2011	175	0.1657	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-5.71	0.1985	158	0.1738	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
5.71-56.29	0.2214	142	0.2091	2966	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.02970495934	0.774132344875	0.0914078853541	0.30229797378	-0.0353481376238	0.788556333728	-0.0960015077501	0.0210307494556	-0.062381570366	-0.832277178049	-0.333386662746	1.01715391231	-0.419791694412	-0.31228710767	0.299002260201	0.949928414899	-0.0143956870498	-0.303114302928	0.652368141845	-0.0237273756277	1.06379224488	10.4650929634	29.3952052138	14.3041538989
2	1.76244025098	-0.416623393417	-0.0513638967539	3.05347260595	1.09517307964	2.24029928964	-0.0492359856882	-0.107295117245	-0.207539322479	0.129035516392	-0.0664756870846	0.27185456042	0.17365074753	-0.0105840251326	0.0764831353888	0.731190859113	-0.0653278568294	-0.105671555806	0.481979049729	0.037280527183	0.68716269894	18.799246158	19.2768217803	25.2249998554
3	0.440879505324	-0.169326628091	0.621951747054	0.138125750835	-0.336536155234	0.927933070374	0.432953174176	-1.57822495805	0.0935585309042	1.24611941584	-0.933820900115	0.0482876889184	0.0657969108509	-0.196908080524	0.478618162246	1.1553035323	-0.145154803131	0.0551500558071	1.03812087566	0.0378001195858	0.793996126065	20.4919471781	27.179923767	46.496734412
4	0.775560507761	0.0883831399934	0.510877418491	1.64680375112	0.0749622237367	1.94172463601	-0.0632783442606	-0.212295994457	-0.567643961459	0.680267795446	-0.120339208981	0.477797610285	0.733375724856	-0.441192660678	0.0104784450025	0.993447483447	-0.191404603335	0.0389607313405	0.665271182298	0.0540508289919	0.737238536182	12.1330132855	12.895282214	34.1220820694
5	2.88284773465	1.15177938672	0.730941919577	2.33196006066	0.523719827003	1.09974435765	-0.0271872197991	0.100137892239	0.00143082926655	0.156539649253	0.31681490751	-0.221896073222	0.224000888265	0.43856640265	-0.405332893889	0.857970422803	0.0292784896066	-0.12443905884	0.541502819212	-0.0358223108353	0.789226879808	29.6897323785	16.773424587	21.0842465703
6	0.398702950482	0.39865047178	0.771717436399	1.71640384618	0.504112547401	2.24498481948	0.0150841862008	-0.198543358051	0.192953660892	0.136290991014	-0.0683119111941	0.314629855436	-0.0611167387276	-0.0770569433809	0.0480944536515	0.708147395202	-0.0257515189094	-0.121598482681	0.527116150607	0.00351516197694	0.704780243941	20.9099025362	33.179348068	29.3326214132
7	0.310328167859	-0.921366478258	-0.10165372383	2.6815010128	0.354058749292	0.652697724523	-0.0382891314006	0.0277016227948	0.103942912296	0.0307969832937	0.0543504873086	0.123032660442	0.0186946509693	-0.161185989062	-0.00676593855593	0.774724076753	-0.0346169424693	-0.094752994448	0.508904024096	-0.0115206291595	0.74735165232	18.9032558461	31.9374704564	24.4225670069
8	1.24118118151	0.124215767509	-0.256376830142	1.73559347549	0.872138171972	0.401841853458	-0.0126670112026	0.0354086463868	0.0220183017661	0.220303397706	0.0565266046905	-0.224770828285	0.454637954465	0.359326886972	-0.135937450731	0.717189969996	0.00726302836832	-0.111399871674	0.672586548147	-0.0656814390186	0.891841714105	40.6328537761	36.5673993136	29.8682105376
9	4.05442358944	0.874750531215	-0.47482832697	4.15834646091	0.0326691848441	2.76377044162	-0.0673397324523	-0.447891947685	0.587588422063	0.218279556624	0.25056364892	0.597484686981	0.471870547425	-0.311509156216	-0.0829467953612	0.68235213457	-0.0578885154793	-0.0305744280723	0.72921775335	-0.03230108856	0.600637936599	37.3700826097	49.7205816982	42.3625546791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 191 through 247 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 248 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 331 through 349 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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