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- PDB-7a1m: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-propyl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a1m | ||||||
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Title | FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-propyl-2-oxoglutarate | ||||||
![]() | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase | ||||||
Function / homology | ![]() hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases. Authors: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 14.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.7 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a1jC ![]() 7a1kC ![]() 7a1lC ![]() 7a1nC ![]() 7a1oC ![]() 7a1pC ![]() 7a1qC ![]() 7a1sC ![]() 1h2kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40328.281 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one ...References: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-QVW / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.178→74.448 Å / Num. obs: 51777 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 55.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.178→2.216 Å / Redundancy: 24.2 % / Rmerge(I) obs: 6.807 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1487 / CC1/2: 0.414 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1H2K Resolution: 2.18→56.29 Å / SU ML: 0.4303 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.0748 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→56.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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