PDB-7a1k: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-((9,9-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a1k

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-((9,9-dimethyl-9H-fluoren-2-yl)methyl)-2-oxoglutarate

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases.
著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a1k.cif.gz	253.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a1k.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7a1k_validation.pdf.gz	380.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a1k_full_validation.pdf.gz	383 KB	表示
XML形式データ	7a1k_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7a1k_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a1jC 7a1lC 7a1mC 7a1nC 7a1oC 7a1pC 7a1qC 7a1sC 1h2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5op8-1 1yci-1 4ai8-1 7a1m-1 5jwl-1 4b7k-1 3od4-1 5jwk-1 4z2w-1 2w0x-1 4bio-1 5jwp-1 4z1v-1 6hkp-1 6ha6-1 5opc-1 1mzf-2 2wa3-1 1mze-2 3d8c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.181, 86.181, 148.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QVZ / 3-((9,9-dimethyl-9H-fluoren-2-yl)methyl)-2-oxoglutarate / (3~{S})-3-[(9,9-dimethylfluoren-2-yl)methyl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid 分子量: 352.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→74.588 Å / Num. obs: 73389 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / B_iso Wilson estimate: 56.54 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.024 Å / 冗長度: 27.7 % / R_merge(I) obs: 5.665 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1927 / CC_1/2: 0.38 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 1.99→41.39 Å / SU ML: 0.3075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.6731
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	3628	4.94 %
R_work	0.2066	69761	-
obs	0.2076	73389	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→41.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2768	0	0	63	2831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	2882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6732	3937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.552	1057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.02	0.4638	139	0.4303	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.02-2.04	0.3651	137	0.3977	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.04-2.07	0.3393	129	0.3604	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.07-2.1	0.3409	135	0.3247	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.1-2.14	0.3689	140	0.3313	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.14-2.17	0.3593	134	0.3143	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.3489	162	0.2821	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.21-2.25	0.2723	145	0.259	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.25-2.29	0.2731	143	0.2532	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.34	0.2496	152	0.238	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2807	142	0.2237	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.39-2.45	0.2711	148	0.2106	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2397	144	0.2163	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.57	0.2254	126	0.2131	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.65	0.2631	141	0.2258	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.2318	124	0.2196	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.83	0.2421	115	0.2241	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.83-2.95	0.2661	116	0.2375	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-3.08	0.2752	157	0.2425	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.08-3.24	0.2682	116	0.2476	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.45	0.2855	144	0.2225	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.71	0.229	154	0.203	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.09	0.1898	131	0.1811	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1793	174	0.1507	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.68-5.89	0.1909	134	0.172	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.89-41.39	0.2093	146	0.2095	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.47589508041	0.784986113563	0.14470814881	0.847462500545	-0.463538149576	0.694946320575	-0.213230471421	0.282827763268	-0.0974686720655	-0.834750965109	-0.303920231153	1.13804602543	-0.356335295432	-0.426024305383	0.442833373932	0.934713557379	-0.00169528252184	-0.270513049564	0.610256614063	-0.0319109517959	1.06256988147	10.5350402736	29.5073018503	14.3052444682
2	2.74477920188	0.111949462132	-0.013726428072	3.23176601552	1.72943496464	1.86344600528	-0.0473209708786	-0.490542802584	-0.239624173636	0.686199877502	0.011315535915	0.305830877542	0.616439334318	-0.139168750961	0.0268957182569	0.850457245927	-0.0244869247228	-0.0529586685744	0.494627599855	0.0924966367374	0.575694416275	18.9016166733	18.1515775285	30.3023496824
3	1.02678724331	0.214571329451	0.542215818454	2.11370389867	0.840702059108	2.21612591343	-0.0170126166582	-0.102085925693	0.0170623049631	0.00873450301581	0.0452049184252	0.179494030996	0.0104574551483	-0.000604387612602	-0.0473013281214	0.684160828177	-0.0192970638723	-0.106789962431	0.439652617005	0.011379654998	0.602022549943	24.4262200115	33.5958402827	27.6763474425
4	6.33941827363	2.00990691208	-1.78030107396	6.13571291006	-0.710332450953	5.09176982796	-0.184471890513	-0.404609965352	0.640316160284	-0.0474200313725	0.143297129385	0.585942062827	0.386134943531	0.07847274592	-0.0779573501407	0.52828171678	-0.0240683881463	-0.0611548166337	0.684260628369	-0.089782847824	0.494897389862	37.5126127047	49.8804982938	42.3160146336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 190 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 191 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 349 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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