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- PDB-7a0w: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 8.5, cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0w
タイトルStructure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 8.5, crystallized with chimeric Fab antibodies
要素
  • (chimeric antibody Fab-F6, ...) x 2
  • Na(+)/H(+) antiporter NhaA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / PHOSPHATE ION / Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Fippel, A. / Gross, N.M. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BIOSS - EXC-294 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CIBSS - EXC-2189 - Project ID 390939984 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 1381 - Project ID 403222702 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 746 ドイツ
European Communitys Seventh Framework ProgrammeEDICT - HEALTH-F4-2007-201924European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters
著者: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,38418
ポリマ－184,4156
非ポリマー4,96912
水4,306239
1
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assessed by SEC-MALLS (Lentes, C. J. et al. Molecular characterization of the Na+/H+-antiporter NhaA from Salmonella Typhimurium. PloS one 9, e101575, doi:10.1371/journal.pone.0101575 (2014))
  • 91.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,88011
ポリマ－87,0172
非ポリマー4,8629
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8055
ポリマ－48,6992
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6992
ポリマ－48,6992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.788, 92.163, 139.105
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.885, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Sodium/proton antiporter NhaA


分子量: 43508.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: nhaA, STM0039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: Q8ZRZ3

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain


分子量: 26305.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83
#3: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain


分子量: 22393.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83

-
非ポリマー , 6種, 251分子

#4: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 32 % PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→24.86 Å / Num. obs: 94893 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 52.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.04→2.34 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4739 / CC1/2: 0.428 / % possible all: 67.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.13_2998精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zcd, 2yk1

1zcd

2yk1


解像度: 2.04→24.86 Å / SU ML: 0.2395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.5384 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 2414 2.54 %
Rwork0.1982 92469 -
obs0.1991 94883 56.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→24.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11858 0 185 239 12282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003812363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.654916829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04491966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00452087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.45737264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.120.408690.3049193X-RAY DIFFRACTION1.2
2.12-2.20.32250.28571018X-RAY DIFFRACTION6.21
2.2-2.30.2921590.2972277X-RAY DIFFRACTION13.85
2.3-2.420.3181060.28714073X-RAY DIFFRACTION24.82
2.42-2.580.29361910.27677132X-RAY DIFFRACTION43.35
2.58-2.770.28432930.262812156X-RAY DIFFRACTION73.84
2.77-3.050.28274650.243515745X-RAY DIFFRACTION95.87
3.05-3.490.24874180.206516499X-RAY DIFFRACTION99.99
3.49-4.40.20664100.173416618X-RAY DIFFRACTION99.98
4.4-24.860.22054380.183216758X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.998478039920.7720079808991.579689349142.96728585457-0.2220253381941.17425463364-0.1490632127190.6129827572550.0997372267759-0.1188276925120.176467775352-0.127290286501-0.1391033780580.126503778888-0.01327785725920.5085079073930.08198083524430.07388620153910.731042928555-0.006222635712720.2027014478267.49518734466.643276546432.5908589108
21.94749946999-0.3584227904520.1387010182252.53690479751.072119509993.081939783850.115695025521.39068671444-0.274536290073-0.967703401138-0.220127580499-0.6830502384330.3027173469980.557506110436-0.003512074498810.7194087304870.2080048379070.2334721662861.13478466471-0.1957239249490.64253818130726.0001408467-5.4259699638230.0968682409
33.464512259611.082152189941.480128237281.551519948011.29321063751.689333395190.005878706180040.645902890821-0.976972978205-0.3389082038150.154237724818-0.5678919447110.3267834324290.102581206474-0.07312898711520.8254271124310.1638244034590.0670799083090.962341459007-0.3169775440410.79243731924610.1619675809-11.395370325827.3710058275
41.71248965546-0.4081830167260.04293366861231.11164772768-0.1083297776931.86551320604-0.02910376108961.07618128118-0.334022912385-0.603258166623-0.0984080468866-0.280163055973-0.0189630530320.2106097087630.07798873133690.6566599088110.06033917417540.2762511461220.932550805347-0.1605992362980.4064474911414.2196846591-2.2178929477725.892781703
50.7972159959960.441287973992-0.2301544723842.562815715690.279343849861.89635939362-0.09757068886991.40321205752-0.172184350866-1.0841939599-0.309312593289-0.5600268402540.09139506985220.6271706620440.03788970426440.6429445818290.1597784005360.3504544159821.10964164254-0.01647547445130.36952385507826.78440373370.5275316302131.6090585742
63.01144343053-0.0248014504088-0.1299590955373.65946294841.587357361690.849452915977-0.05369507100061.07572490771-0.346108816643-0.167697105108-0.1471554934180.3253139120130.186482795415-0.275224053520.2406976628110.6359742994880.04465255562010.09258970524821.14776907833-0.1241159794290.272109369996-19.91485946780.49108975939523.0350755837
71.26087871029-1.02218371227-1.730621202241.69631226736-0.1574635561366.937457478630.2251353524921.74004888363-0.0330973463546-0.457702734013-0.5492978569680.114133465666-0.824376651052-0.300323785990.08400000184640.9689383150170.0152662831335-0.1994203393121.947397139970.07947930073190.511804642428-32.459033184312.15339712929.00366462165
81.73779533418-0.127188449649-0.2252344576711.389257524170.417518351521.25782123477-0.2871723850971.516315900190.537749933674-0.6963215940480.131907827420.181277916786-0.189773500868-0.3101269829330.1717011554390.926242410696-0.04687222849160.0358254498681.472647422570.1205455186090.374046475529-15.90972434311.264509608315.6105686781
91.507590995530.0344562240160.1574214629332.023291530260.3274360363182.57298601111-0.09642961604631.726045554890.47605490378-1.05355595622-0.03134618922490.279618069499-0.253878320821-0.6235472165380.05736183850461.08067577245-0.0477573803663-0.1379491606272.11327381912-0.1110187965480.0302398838701-36.37177406267.359354679738.58552249141
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 287 through 383 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 112 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 113 through 223 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 32 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 33 through 70 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 71 through 109 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 110 through 124 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 125 through 146 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 147 through 159 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 160 through 184 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 185 through 207 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 1 through 83 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 84 through 154 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 155 through 223 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 1 through 70 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 71 through 86 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 87 through 98 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 99 through 109 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 110 through 124 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 125 through 146 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 147 through 159 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 160 through 170 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 171 through 194 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 195 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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