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- PDB-7a0y: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant,... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0y | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant, at pH 8.2, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / chimeric Fab / antibody | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Fippel, A. / Mir, S.H. / Lentes, C.J. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 756.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 519.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a0wSC ![]() 7a0xC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44047.324 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K300R Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: K300R variant of NhaA and 5 additional residues at the N-terminus (NLGIL) Source: (gene. exp.) ![]() Gene: nhaA, STM0039 / Production host: ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
#2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 160 molecules ![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-3PE / | #9: Chemical | ChemComp-CL / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 65.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 30 % PEG400, 0.1 mM 2-aminoperimidine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→24.74 Å / Num. obs: 57756 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 56.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.77 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2890 / CC1/2: 0.496 / % possible all: 70.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7A0W Resolution: 2.45→24.74 Å / SU ML: 0.2856 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.1039 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→24.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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