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Yorodumi- PDB-7a0x: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, cr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7a0x | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||||||||
| Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria)![]() Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Fippel, A. / Lentes, C.J. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
| Funding support | Germany, European Union, 5items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7a0x.cif.gz | 755.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7a0x.ent.gz | 519.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7a0x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7a0x_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7a0x_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 7a0x_validation.xml.gz | 57.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7a0x_validation.cif.gz | 78.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0x | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7a0wSC ![]() 7a0yC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 43508.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria)Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: nhaA, STM0039 / Production host: ![]() |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
| #2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Production host: ![]() #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 192 molecules 














| #4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #5: Chemical | | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / #8: Chemical | ChemComp-3PE / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-CA / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 66.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 33 % PEG400, soaked at pH 6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.976 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.37→24.9 Å / Num. obs: 69454 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 62.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.37→2.68 Å / Redundancy: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3474 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 64.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7A0W Resolution: 2.37→24.9 Å / SU ML: 0.3039 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.0628 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 77.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→24.9 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Salmonella typhimurium (bacteria)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, European Union, 5items
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