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- PDB-7a0x: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, cr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0x | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Fippel, A. / Lentes, C.J. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 755.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 519.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 57.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 78.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a0wSC ![]() 7a0yC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43508.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: nhaA, STM0039 / Production host: ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
#2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 192 molecules ![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / #8: Chemical | ChemComp-3PE / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-CA / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 66.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 33 % PEG400, soaked at pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→24.9 Å / Num. obs: 69454 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 62.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.68 Å / Redundancy: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3474 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 64.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7A0W Resolution: 2.37→24.9 Å / SU ML: 0.3039 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.0628 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→24.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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