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Yorodumi- PDB-7a0w: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 8.5, cr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7a0w | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 8.5, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||||||||
| Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria)![]() Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Fippel, A. / Gross, N.M. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
| Funding support | Germany, European Union, 5items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7a0w.cif.gz | 754.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7a0w.ent.gz | 519.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7a0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7a0w_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7a0w_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 7a0w_validation.xml.gz | 57.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7a0w_validation.cif.gz | 79.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0w | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7a0xC ![]() 7a0yC ![]() 1zcdS ![]() 2yk1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 43508.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria)Gene: nhaA, STM0039 / Production host: ![]() |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
| #2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Production host: ![]() #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 251 molecules 










| #4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #5: Chemical | ChemComp-3PH / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.2 Å3/Da / Density % sol: 66.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris pH 8.5, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 32 % PEG400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 13, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.04→24.86 Å / Num. obs: 94893 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 52.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16 |
| Reflection shell | Resolution: 2.04→2.34 Å / Redundancy: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4739 / CC1/2: 0.428 / % possible all: 67.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1zcd, 2yk1 Resolution: 2.04→24.86 Å / SU ML: 0.2395 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 37.5384 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 78.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→24.86 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, European Union, 5items
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