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万見
- PDB-5jz7: NGF IN COMPLEX WITH MEDI578 scFv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jz7
タイトルNGF IN COMPLEX WITH MEDI578 scFv
要素
  • Beta-nerve growth factor
  • MEDI578 scFv, heavy chain
  • MEDI578 scFv, light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antibody / complex / epitope / NGF
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / positive regulation of neuron maturation / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / positive regulation of neuron maturation / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / NADE modulates death signalling / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of collateral sprouting / Signalling to p38 via RIT and RIN / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / ARMS-mediated activation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / Frs2-mediated activation / NRAGE signals death through JNK / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / positive regulation of axon extension / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / positive regulation of neuron differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / endosome lumen / growth factor activity / circadian rhythm / positive regulation of neuron projection development / modulation of chemical synaptic transmission / Golgi lumen / synaptic vesicle / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / dendrite / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Olsson, L.-L. / Aagaard, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Engineering the surface properties of a human monoclonal antibody prevents self-association and rapid clearance in vivo.
著者: Dobson, C.L. / Devine, P.W. / Phillips, J.J. / Higazi, D.R. / Lloyd, C. / Popovic, B. / Arnold, J. / Buchanan, A. / Lewis, A. / Goodman, J. / van der Walle, C.F. / Thornton, P. / Vinall, L. / ...著者: Dobson, C.L. / Devine, P.W. / Phillips, J.J. / Higazi, D.R. / Lloyd, C. / Popovic, B. / Arnold, J. / Buchanan, A. / Lewis, A. / Goodman, J. / van der Walle, C.F. / Thornton, P. / Vinall, L. / Lowne, D. / Aagaard, A. / Olsson, L.L. / Ridderstad Wollberg, A. / Welsh, F. / Karamanos, T.K. / Pashley, C.L. / Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Ashcroft, A.E. / Kippen, A.D. / Vaughan, T.J. / Radford, S.E. / Lowe, D.C.
履歴
登録2016年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
C: MEDI578 scFv, heavy chain
D: MEDI578 scFv, light chain
E: Beta-nerve growth factor
F: Beta-nerve growth factor
G: MEDI578 scFv, heavy chain
H: MEDI578 scFv, heavy chain
I: MEDI578 scFv, light chain
J: MEDI578 scFv, heavy chain
K: MEDI578 scFv, light chain
L: MEDI578 scFv, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,35012
ポリマ－156,35012
非ポリマー00
水00
1
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
C: MEDI578 scFv, heavy chain
D: MEDI578 scFv, light chain
H: MEDI578 scFv, heavy chain
L: MEDI578 scFv, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1756
ポリマ－78,1756
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: Beta-nerve growth factor
F: Beta-nerve growth factor
G: MEDI578 scFv, heavy chain
I: MEDI578 scFv, light chain
J: MEDI578 scFv, heavy chain
K: MEDI578 scFv, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1756
ポリマ－78,1756
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.085, 182.085, 109.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 12421.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138
#2: 抗体
MEDI578 scFv, heavy chain


分子量: 13970.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
MEDI578 scFv, light chain


分子量: 12695.915 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 18 % PEG 8000, 150 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.02 Å / Num. obs: 24799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5 PACIOREK精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BTG, 1AQK

1btg

1aqk


解像度: 3.4→47.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.57
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 1263 5.09 %RANDOM
Rwork0.2577 ---
obs0.2582 24798 99.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8951 Å20 Å20 Å2
2---5.8951 Å20 Å2
3---11.7903 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.804 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10556 0 0 0 10556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00710804HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.914676HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1584HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10804HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1440SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11287SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.55 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4155 151 5.03 %
Rwork0.3679 2850 -
all0.3703 3001 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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