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- PDB-2yk1: Structure of human anti-nicotine Fab fragment in complex with nicotine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yk1
タイトルStructure of human anti-nicotine Fab fragment in complex with nicotine
要素
  • FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODIES / ANTI-SMOKING VACCINE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tars, K. / Kotelovica, S. / Lipowsky, G. / Bauer, M. / Beerli, R. / Bachmann, M. / Maurer, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Different Binding Modes of Free and Carrier-Protein-Coupled Nicotine in a Human Monoclonal Antibody.
著者: Tars, K. / Kotelovica, S. / Lipowsky, G. / Bauer, M. / Beerli, R. / Bachmann, M. / Maurer, P.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Other
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4353
ポリマ－45,2732
非ポリマー1621
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.110, 78.870, 75.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-2073-

HOH

21L-2066-

HOH

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要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN


分子量: 22297.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN


分子量: 22976.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-NCT / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / (S)-(-)-NICOTINE / 3-[(2S)-1-METHYL-2-PYRROLIDINYL] PYRIDINE / 3-[(1R)-1β-メチルピロリジン-2α-イル]ピリジン


分子量: 162.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2 / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: SITTING DROP, 5% PEG 3000, 0.1 M MES PH 6.0, 30% (V/V) PEG 200, 10 MG/ML PROTEIN, 20 MM NICOTINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 34228 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BOS

2bos


解像度: 1.85→27.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 7.491 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26434 1635 5.1 %RANDOM
Rwork0.22446 ---
obs0.22648 30695 94.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 12 244 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9643911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1745368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43724.12497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54215423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.866159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.571.51843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04922981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42131016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1424.5927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 123 -
Rwork0.308 2107 -
obs--87.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74690.7128-0.27012.05090.12830.26890.0452-0.0487-0.06160.036-0.0501-0.17930.00880.01220.0050.05250.003200.10750.0170.0801-22.225-11.542-1.479
20.3495-0.51111.14524.9534-0.55017.1853-0.03710.106-0.0442-0.55310.18810.08780.2045-0.4278-0.15110.2107-0.2276-0.04760.32780.02550.0507-35.594-14.018-36.375
30.58610.21380.21321.0148-0.12991.76870.06380.00010.04890.02270.02560.0401-0.0984-0.0314-0.08940.07550.00150.04170.0764-0.00330.0657-22.0358.89-7.56
42.7371.8791-1.14944.2585-1.23863.7619-0.00790.11120.0885-0.2230.46230.4746-0.1917-0.9174-0.45450.0450.0438-0.00930.33360.17090.115-37.4442.383-28.814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L5 - 106A
2X-RAY DIFFRACTION2L107 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3H5 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4H113 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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