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- PDB-7kd6: Insulin Receptor L1-CR plus alphaCT fragment in co-complex with F... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kd6 | |||||||||
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Title | Insulin Receptor L1-CR plus alphaCT fragment in co-complex with Fv 83-7 and single-chain insulin SCI-b | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Insulin receptor Single-chain insulin Antibody Fv module Insulin micro-receptor | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / positive regulation of protein-containing complex disassembly / dendritic spine maintenance ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / positive regulation of protein-containing complex disassembly / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / neuronal cell body membrane / adrenal gland development / PTB domain binding / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / regulation of embryonic development / positive regulation of receptor internalization / protein kinase activator activity / insulin receptor substrate binding / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / phosphatidylinositol 3-kinase binding / transport across blood-brain barrier / heart morphogenesis / activation of protein kinase B activity / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / dendrite membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of glycolytic process / learning / positive regulation of D-glucose import / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / receptor internalization / memory / cellular response to insulin stimulus / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / late endosome / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / positive regulation of protein phosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / symbiont entry into host cell / axon / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lawrence, M.C. / Menting, J.G. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Single-chain insulin analogs threaded by the insulin receptor alpha CT domain. Authors: Smith, N.A. / Menting, J.G. / Weiss, M.A. / Lawrence, M.C. / Smith, B.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 953.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 799.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ogaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BHNT
#1: Protein | Mass: 6515.308 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Single-chain insulin SCI-b / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Insulin receptor ... , 2 types, 8 molecules EKQWFLRX
#4: Protein | Mass: 36231.762 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y171H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase #5: Protein/peptide | Mass: 1922.143 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Antibody , 2 types, 8 molecules CIOUDJPV
#2: Antibody | Mass: 13655.276 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 13367.913 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 4 types, 20 molecules 
#6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 170 molecules 




#9: Chemical | ChemComp-SO4 / #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 16% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate (NaSCN), 0.02% sodium azide (NaN3) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→45.67 Å / Num. obs: 112001 / % possible obs: 88.2 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 11764 / CC1/2: 0.168 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OGA Resolution: 2.6→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.365 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.341 / SU Rfree Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
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Displacement parameters | Biso max: 210.94 Å2 / Biso mean: 87.37 Å2 / Biso min: 19.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.44 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→45.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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