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- PDB-6efn: Structure of a RiPP maturase, SkfB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6efn
タイトルStructure of a RiPP maturase, SkfB
要素Sporulation killing factor maturation protein SkfB
キーワードOXIDOREDUCTASE / S-Adenosylmethinine radical enzyme / metalloenzyme / natural product / RiPP / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; X-HおよびY-H型化合物からX-Y結合を生成する; その他の電子受容体をもつ / bacteriocin biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation killing factor system, radical SAM maturase SkfB / MoaA/NifB/PqqE, iron-sulphur binding, conserved site / moaA / nifB / pqqE family signature. / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / : / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. ...Sporulation killing factor system, radical SAM maturase SkfB / MoaA/NifB/PqqE, iron-sulphur binding, conserved site / moaA / nifB / pqqE family signature. / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / : / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Sporulation killing factor maturation protein SkfB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.291 Å
データ登録者Grell, T.A.J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1122374 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure of a RiPP maturase, SkfB
著者: Grell, T.A.J. / Kincannon, W.M. / Bruender, N.A. / Blaesi, E.J. / Krebs, C. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporulation killing factor maturation protein SkfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9525
ポリマ－46,0021
非ポリマー9504
水7,026390
1
A: Sporulation killing factor maturation protein SkfB
ヘテロ分子

A: Sporulation killing factor maturation protein SkfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,90510
ポリマ－92,0042
非ポリマー1,9008
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5110 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area29970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.462, 83.110, 61.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

MG

21A-939-

HOH

31A-957-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sporulation killing factor maturation protein SkfB


分子量: 46002.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: skfB, ybcP, ybcQ, BSU01920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O31423, 酸化還元酵素; X-HおよびY-H型化合物からX-Y結合を生成する; その他の電子受容体をもつ

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非ポリマー , 5種, 394分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.25 M magnesium formate, 15% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月4日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.291→42.574 Å / Num. obs: 92230 / % possible obs: 96.72 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 43.6
反射 シェル解像度: 1.291→1.34 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.729 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.291→42.574 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1685 9470 7.49 %
Rwork0.1425 --
obs0.1445 83737 66.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.291→42.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 40 390 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9274622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.071254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2907-1.30540.2787330.2676398X-RAY DIFFRACTION7
1.3054-1.32070.2509520.2182661X-RAY DIFFRACTION11
1.3207-1.33680.2196820.20921046X-RAY DIFFRACTION18
1.3368-1.35370.26391080.18781466X-RAY DIFFRACTION25
1.3537-1.37160.1951540.19151942X-RAY DIFFRACTION33
1.3716-1.39040.19731970.16982296X-RAY DIFFRACTION40
1.3904-1.41020.22261960.16722664X-RAY DIFFRACTION45
1.4102-1.43130.22592140.16492709X-RAY DIFFRACTION47
1.4313-1.45360.19692520.15822847X-RAY DIFFRACTION48
1.4536-1.47750.18662380.14822941X-RAY DIFFRACTION51
1.4775-1.50290.16792360.14083035X-RAY DIFFRACTION52
1.5029-1.53030.17782470.14323104X-RAY DIFFRACTION53
1.5303-1.55970.16442490.13873134X-RAY DIFFRACTION54
1.5597-1.59150.16652920.13293343X-RAY DIFFRACTION58
1.5915-1.62620.16262830.13163731X-RAY DIFFRACTION64
1.6262-1.6640.15913530.12844084X-RAY DIFFRACTION70
1.664-1.70560.16593810.1364379X-RAY DIFFRACTION75
1.7056-1.75170.16433970.13285226X-RAY DIFFRACTION90
1.7517-1.80330.16674570.13345549X-RAY DIFFRACTION95
1.8033-1.86150.16344190.1265645X-RAY DIFFRACTION96
1.8615-1.9280.15415000.13485653X-RAY DIFFRACTION97
1.928-2.00520.17784180.13425683X-RAY DIFFRACTION97
2.0052-2.09640.16564650.12825534X-RAY DIFFRACTION95
2.0964-2.2070.15784290.13715572X-RAY DIFFRACTION95
2.207-2.34520.15115170.13515767X-RAY DIFFRACTION99
2.3452-2.52630.17894390.14645777X-RAY DIFFRACTION99
2.5263-2.78050.1894690.16045760X-RAY DIFFRACTION98
2.7805-3.18270.19744570.15265566X-RAY DIFFRACTION96
3.1827-4.00940.16154620.14215761X-RAY DIFFRACTION99
4.0094-42.59720.15154740.14495676X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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