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万見
- PDB-4h3v: Crystal structure of oxidoreductase domain protein from Kribbella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3v
タイトルCrystal structure of oxidoreductase domain protein from Kribbella flavida
要素Oxidoreductase domain protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Oxidoreductase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Michalska, K. / Mack, J.C. / McKnight, S.M. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oxidoreductase domain protein from Kribbella flavida
著者: Michalska, K. / Mack, J.C. / McKnight, S.M. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase domain protein
B: Oxidoreductase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4515
ポリマ－84,3132
非ポリマー1383
水9,332518
1
A: Oxidoreductase domain protein
B: Oxidoreductase domain protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase domain protein
B: Oxidoreductase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,90310
ポリマ－168,6264
非ポリマー2766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area15550 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area49350 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.597, 70.597, 288.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

FMT

21B-401-

FMT

31B-636-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase domain protein


分子量: 42156.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_4276 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) Magic / 参照: UniProt: D2PU28
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.1 M Mg formate, 19% PEG3350, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→30 Å / Num. all: 84563 / Num. obs: 84453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique all: 4093 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1096)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→29.235 Å / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 1677 1.99 %random
Rwork0.1436 ---
all0.1443 84322 --
obs0.1443 84322 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5787 0 9 518 6314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3918138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0442139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6803-1.72970.22051440.18526735X-RAY DIFFRACTION100
1.7297-1.78560.21181410.17096760X-RAY DIFFRACTION100
1.7856-1.84940.20431420.15316789X-RAY DIFFRACTION100
1.8494-1.92340.1741250.14466819X-RAY DIFFRACTION100
1.9234-2.01090.18981210.13796808X-RAY DIFFRACTION100
2.0109-2.11690.16561410.12826800X-RAY DIFFRACTION100
2.1169-2.24950.16061560.12616851X-RAY DIFFRACTION100
2.2495-2.42310.18371190.12946891X-RAY DIFFRACTION100
2.4231-2.66680.17171230.14216897X-RAY DIFFRACTION100
2.6668-3.05230.19281430.14966954X-RAY DIFFRACTION100
3.0523-3.84420.16631700.14087009X-RAY DIFFRACTION100
3.8442-29.23940.17231520.14977332X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32350.4589-0.2080.96410.0290.7444-0.01530.04970.0309-0.08640.02410.0028-0.11360.0383-0.00970.1402-0.00410.00420.17670.0050.186260.300150.0868128.5348
21.8701-1.17970.54732.7696-0.50021.9017-0.0380.16220.1602-0.1889-0.0177-0.0894-0.2867-0.03960.06240.1579-0.02710.02260.1481-0.00640.10239.682639.6083120.5092
30.6150.1776-0.1260.2868-0.08580.35080.00330.0002-0.0739-0.0189-0.0222-0.08090.06570.0570.02540.13690.01070.0050.12280.00070.137648.151333.7719139.609
45.22513.16353.64822.45122.40254.5603-0.11650.3153-0.3377-0.15640.2176-0.20630.05540.0813-0.07520.1542-0.03710.0530.1651-0.01940.13949.009631.7602113.028
50.761-1.0925-1.2496.21452.65533.89120.0096-0.08410.0516-0.03890.1316-0.27210.01850.0835-0.16090.1321-0.05260.00160.15790.0110.13037.2876.9032134.2237
61.3124-0.8441-0.42285.09332.35443.25680.03150.0386-0.15940.1135-0.0627-0.03640.3447-0.03450.0370.1475-0.06330.0230.1670.01930.16486.6167-0.8636133.8443
73.50281.301-1.62322.0432-1.24612.619-0.1109-0.0308-0.1754-0.16490.0516-0.14170.24010.07040.05020.1918-0.03230.00610.1862-0.02960.16178.58353.4083120.6958
80.74970.22740.1940.39010.1410.548-0.05510.0743-0.0326-0.05750.04270.01680.0486-0.03990.00920.1624-0.02680.0140.1751-0.00090.136119.063220.4274124.4138
92.8769-2.26850.42646.4546-0.02461.63780.01540.2271-0.3472-0.26060.00710.02420.3097-0.0086-0.01140.1722-0.05710.02720.1761-0.03880.145524.665814.3757122.632
103.793-2.49940.91874.5032-1.50013.02740.00610.0811-0.4556-0.20470.01650.03220.46050.14-0.04390.2043-0.04990.03660.1655-0.07910.180734.298813.052120.038
110.61880.28260.00540.54940.01150.8318-0.04430.0496-0.013-0.03670.03040.03580.0496-0.05780.00920.1064-0.0109-0.00260.1134-0.00610.115524.091227.6466132.8364
122.9620.85581.27120.38020.71932.36150.00570.03760.0943-0.0753-0.00340.0348-0.0669-0.09940.01010.1486-0.02350.00740.1491-0.00770.13686.4417.2719129.6307
137.29842.6897-4.39721.7171-1.32893.3884-0.17740.4439-0.0125-0.12710.2084-0.05010.0527-0.1171-0.02310.1771-0.05860.00890.1697-0.05010.095525.735419.5888111.0932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 265 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 266 through 359 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 360 through 387 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 28 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 29 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 108 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 109 through 176 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 177 through 204 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 205 through 238 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 239 through 334 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 335 through 359 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 360 through 387 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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