PDB-6zzh: Structure of soluble SmhB crystal form 2 of the tripartite alpha-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zzh

タイトル

Structure of soluble SmhB crystal form 2 of the tripartite alpha-pore forming toxin, Smh, from Serratia marcescens.

要素

SmhB

キーワード

TOXIN / Pore forming toxin / Bacterial toxin / Serratia marcescens

機能・相同性

Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane / HBL/NHE enterotoxin family protein

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Churchill-Angus, A.M. / Baker, P.J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Characterisation of a tripartite alpha-pore forming toxin from Serratia marcescens
著者: Churchill-Angus, A.M. / Schofield, T.H.B. / Marlow, T.R. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, J.S. / Rafferty, J.B. / Baker, P.J.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zzh.cif.gz	485.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zzh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zzh_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zzh_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	6zzh_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	6zzh_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zz5SC 7a0gC 7a26C 7a27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c7l-d 4l3f-4 2xqn-d 5ook-d 6yq8-d 5mjm-d 2wqu-6 5ziz-2 2c7k-d 4l3f-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: SmhB

BBB: SmhB

78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SmhB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: SmhB

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.931, 49.729, 99.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.427, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	SmhB / SmhB 分子量: 39376.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: BHU62_20105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q4NVM7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 280.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.22M Magnesium chloride hexahydrate 0.1M Na acetate pH 5.15, 26% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→87.51 Å / Num. obs: 50442 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.8 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.86→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 2519 / CC_1/2: 0.6 / R_pim(I) all: 0.525

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
STARANISO		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZZ5

6zz5

解像度: 1.86→87.498 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 9.756 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	2521	4.998 %
R_work	0.2133	47921	-
all	0.215	-	-
obs	-	50442	72.222 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	0.738 Å²
2-	-	0.026 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→87.498 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5426	0	0	198	5624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.624	7570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.513	1.568	12095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.667	5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.989	23.679	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.231	15	959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.346	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.279	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.931	1.55	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.929	1.55	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.967	2.314	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.966	2.314	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.937	1.948	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.936	1.949	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.568	2.772	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.568	2.773	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.225	19.886	6642
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.217	19.759	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	11310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.433	13	0.347	286	0.351	5129	0.533	0.66	5.8296	0.342
1.908-1.96	0.296	31	0.346	697	0.344	4995	0.702	0.713	14.5746	0.339
1.96-2.017	0.373	81	0.295	1305	0.299	4833	0.704	0.764	28.6778	0.287
2.017-2.079	0.336	139	0.285	1874	0.289	4743	0.785	0.794	42.4415	0.272
2.079-2.148	0.265	104	0.271	2453	0.271	4571	0.835	0.838	55.9396	0.253
2.148-2.223	0.302	184	0.265	3002	0.267	4426	0.831	0.853	71.9837	0.238
2.223-2.307	0.278	212	0.259	3567	0.26	4282	0.852	0.86	88.2532	0.231
2.307-2.401	0.275	172	0.232	3724	0.234	4132	0.877	0.891	94.2885	0.208
2.401-2.507	0.257	193	0.214	3691	0.216	3954	0.901	0.921	98.2296	0.193
2.507-2.63	0.279	157	0.201	3597	0.205	3782	0.911	0.934	99.2597	0.18
2.63-2.772	0.238	150	0.202	3476	0.203	3633	0.922	0.938	99.8073	0.182
2.772-2.94	0.229	153	0.201	3268	0.202	3422	0.927	0.932	99.9708	0.184
2.94-3.143	0.268	190	0.221	3001	0.224	3195	0.896	0.916	99.8748	0.203
3.143-3.394	0.244	157	0.212	2824	0.214	2983	0.92	0.927	99.933	0.204
3.394-3.717	0.262	136	0.21	2652	0.213	2790	0.921	0.937	99.9283	0.207
3.717-4.155	0.218	127	0.188	2391	0.19	2521	0.944	0.953	99.881	0.193
4.155-4.796	0.199	95	0.172	2101	0.174	2200	0.96	0.965	99.8182	0.184
4.796-5.87	0.197	92	0.203	1802	0.202	1899	0.961	0.958	99.7367	0.217
5.87-8.282	0.21	101	0.191	1392	0.192	1495	0.945	0.962	99.8662	0.211
8.282-87.498	0.153	34	0.183	818	0.182	858	0.982	0.971	99.3007	0.227

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5794	-0.0507	0.0945	0.8254	-0.0757	0.4658	-0.0037	0.0368	-0.0012	-0.003	-0.0125	-0.0078	-0.023	-0.0287	0.0161	0.0959	0.0077	-0.0323	0.0337	-0.0037	0.0111	8.7525	3.7334	37.1903
2	1.4934	-0.0405	-0.8241	0.9684	0.0145	1.4944	0.0356	-0.0689	-0.0459	-0.0358	-0.0375	0.0685	0.0163	-0.0385	0.0019	0.1501	-0.0083	-0.0563	0.0759	0.0052	0.0251	-5.8489	-8.5842	15.8506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 366
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	3 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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