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- PDB-6zs3: Crystal structure of the fifth bromodomain of human protein polyb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zs3
タイトルCrystal structure of the fifth bromodomain of human protein polybromo-1 in complex with 2-(6-amino-5-(piperazin-1-yl)pyridazin-3-yl)phenol
要素Protein polybromo-1
キーワードGENE REGULATION / BROMODOMAIN / COMPLEX / SMALL MOLECULE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FX5 / Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Preuss, F. / Joerger, A.C. / Wanior, M. / Kraemer, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Pan-SMARCA/PB1 Bromodomain Inhibitors and Their Role in Regulating Adipogenesis.
著者: Wanior, M. / Preuss, F. / Ni, X. / Kramer, A. / Mathea, S. / Gobel, T. / Heidenreich, D. / Simonyi, S. / Kahnt, A.S. / Joerger, A.C. / Knapp, S.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein polybromo-1
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9656
ポリマ－29,2962
非ポリマー6694
水4,017223
1
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0444
ポリマ－14,6481
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9202
ポリマ－14,6481
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.180, 41.190, 133.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.347, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物 ChemComp-FX5 / 2-(6-azanyl-5-piperazin-4-ium-1-yl-pyridazin-3-yl)phenol


分子量: 272.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 10% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M bis-tris propane pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91842 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→53.6 Å / Num. obs: 35732 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8127542003 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.67→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1761 / CC1/2: 0.927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FH7

5fh7


解像度: 1.67→53.6 Å / SU ML: 0.17365359813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33792998612 / 位相誤差: 25.702421203
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24307764832 1809 5.06524052192 %
Rwork0.21138609085 33905 -
obs0.213029633087 35714 99.2248492762 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.0309388265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→53.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 48 223 2086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006095933334221921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8046980251562589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046129683747276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00494214363536359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.97556975731223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.71010.3005562327171390.2334734282632577X-RAY DIFFRACTION99.4143484627
1.7101-1.76040.2476438489951260.2294574920952599X-RAY DIFFRACTION99.3437841779
1.7604-1.81720.2476783822151270.2210685656482609X-RAY DIFFRACTION98.8082340195
1.8172-1.88220.2663250255431310.2265945113272590X-RAY DIFFRACTION99.451754386
1.8822-1.95750.2678876116751470.2212490340052594X-RAY DIFFRACTION99.0961677513
1.9575-2.04660.2502913619011510.2214315476562572X-RAY DIFFRACTION99.343305363
2.0466-2.15450.2683090948471440.2100113927032590X-RAY DIFFRACTION99.4181818182
2.1545-2.28950.2393655233481550.2035382258872565X-RAY DIFFRACTION98.8372093023
2.2895-2.46630.2458376890911250.218916891432559X-RAY DIFFRACTION97.4582425563
2.4663-2.71450.2590426030621520.2189599715982603X-RAY DIFFRACTION98.8872936109
2.7145-3.10720.231079212071350.2243798814022643X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.91460.2321992925751280.2002811238912669X-RAY DIFFRACTION99.9642601858
3.9146-53.60.2234678375931490.1957224391262735X-RAY DIFFRACTION99.9306999307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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