PDB-6zj4: apo-Trehalose transferase (apo-TreT) from Thermoproteus uzoniensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zj4

タイトル

apo-Trehalose transferase (apo-TreT) from Thermoproteus uzoniensis

要素

Trehalose phosphorylase/synthase

キーワード

TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation

機能・相同性

: / : / Trehalose synthase, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / glucose metabolic process / THIOCYANATE ION / Trehalose phosphorylase/synthase

機能・相同性情報

生物種

Thermoproteus uzoniensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars.
著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2020年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zj4.cif.gz	170.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zj4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zj4_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zj4_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	6zj4_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6zj4_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zj7C 6zjhC 6zmzC 6zn1C 2x6qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ysf-1 6zmz-d 4nqy-1 7c6n-1 7c6v-3 1w30-d 6zjh-d 5ysd-1 7c6t-d 7c6z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDHG9associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Trehalose phosphorylase/synthase

ヘテロ分子

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SASDHG9

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.519, 68.776, 112.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trehalose phosphorylase/synthase 分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (古細菌) / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanate, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日

放射

モノクロメーター: Oxdouble crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→68.78 Å / Num. obs: 27351 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.91-68.78	3.4	0.03	389	0.998	0.024	0.039	91.8
2.1-2.16	2.9	0.73	2121	0.45	0.648	0.98	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2x6q

2x6q

解像度: 2.1→58.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 6.535 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1336	4.89 %
R_work	0.208	25984	-
all	0.197	-	-
obs	-	27320	95.88 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.979 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.053 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.926 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→58.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3185	0	6	107	3298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.645	4473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.242	1.579	7298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.479	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.471	21.033	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.491	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.026	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.525	4.794	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.518	4.79	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.098	7.18	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.097	7.184	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.087	5.327	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.047	5.328	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.254	7.773	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.221	7.774	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.14	55.835	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.132	55.787	3628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.342	89	0.325	1820	X-RAY DIFFRACTION	91.7788
2.155-2.214	0.344	98	0.31	1841	X-RAY DIFFRACTION	95.9426
2.214-2.278	0.275	112	0.266	1810	X-RAY DIFFRACTION	98.1614
2.278-2.348	0.306	91	0.247	1812	X-RAY DIFFRACTION	98.6522
2.348-2.425	0.283	100	0.23	1709	X-RAY DIFFRACTION	98.5294
2.425-2.51	0.294	80	0.209	1672	X-RAY DIFFRACTION	98.0963
2.51-2.604	0.256	81	0.208	1591	X-RAY DIFFRACTION	96.1472
2.604-2.711	0.28	98	0.209	1555	X-RAY DIFFRACTION	98.7455
2.711-2.831	0.276	82	0.199	1487	X-RAY DIFFRACTION	98.0013
2.831-2.969	0.261	70	0.202	1439	X-RAY DIFFRACTION	97.1042
2.969-3.13	0.308	69	0.206	1365	X-RAY DIFFRACTION	96.8919
3.13-3.32	0.266	54	0.219	1265	X-RAY DIFFRACTION	95.2347
3.32-3.549	0.29	61	0.193	1199	X-RAY DIFFRACTION	95.5994
3.549-3.833	0.206	60	0.188	1100	X-RAY DIFFRACTION	93.9271
3.833-4.198	0.207	43	0.161	1015	X-RAY DIFFRACTION	93.3804
4.198-4.692	0.175	44	0.14	922	X-RAY DIFFRACTION	93.2432
4.692-5.417	0.216	38	0.152	824	X-RAY DIFFRACTION	92.6882
5.417-6.63	0.259	29	0.182	692	X-RAY DIFFRACTION	91.4975
6.63-9.36	0.174	23	0.164	552	X-RAY DIFFRACTION	90.4088

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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