+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nqy | ||||||
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Title | The reduced form of MJ0499 | ||||||
Components | Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit | ||||||
Keywords | LYASE / alpha-beta sandwitch / isomerase / MJ1277 / Fe-S cluster / Cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information maleate hydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase activity / maleate hydratase activity / 3-isopropylmalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase activity / L-leucine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Hwang, K.Y. / Lee, E.H. / Lee, K. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: Structural characterization and comparison of the large subunits of IPM isomerase and homoaconitase from Methanococcus jannaschii Authors: Lee, E.H. / Lee, K. / Hwang, K.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nqy.cif.gz | 332.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nqy.ent.gz | 273.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nqy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kp1SC 4kp2C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a monomer |
-Components
#1: Protein | Mass: 48198.285 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: large subunit Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: leuC, MJ0499 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: P81291, 3-isopropylmalate dehydratase, (R)-2-methylmalate dehydratase, maleate hydratase #2: Chemical | ChemComp-ZN / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 8.2 Details: 0.1M Tis, 20% PEG 400, 0.5% LDAO(n-Dodecyl-N,N,dimethylamine-N-oxide), pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2013 |
Radiation | Monochromator: Kozhu DCM Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→39.91 Å / Num. all: 35369 / Num. obs: 34280 / % possible obs: 96.82 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / % possible all: 99.84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4kp1 Resolution: 2.6→34.36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / Phase error: 28.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→34.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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