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- PDB-3nvx: Molecular mechanism of guidance cue recognition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nvx
タイトルMolecular mechanism of guidance cue recognition
要素Protein A39
キーワードVIRAL PROTEIN / Beta-Propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / chemorepellent activity / semaphorin-plexin signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / integrin binding / regulation of inflammatory response / positive regulation of cell migration / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Semaphorin-like protein A39
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, H. / Juo, Z. / Shim, A. / Focia, P. / Chen, X. / Garcia, C. / He, X.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Semaphorin-Plexin Recognition and Viral Mimicry from Sema7A and A39R Complexes with PlexinC1.
著者: Liu, H. / Juo, Z.S. / Shim, A.H. / Focia, P.J. / Chen, X. / Garcia, K.C. / He, X.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein A39
B: Protein A39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1764
ポリマ－86,7342
非ポリマー4422
水15,529862
1
A: Protein A39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5882
ポリマ－43,3671
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein A39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5882
ポリマ－43,3671
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.088, 171.006, 211.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein A39


分子量: 43366.859 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 15-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Copenhagen / 遺伝子: A39R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P21062
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M Li2SO4, 15% PEG3350, 20% Glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 63111 / Num. obs: 62229 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2374 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→47.686 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 3154 5.07 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1782 62224 98.61 %-
all-63101 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.238 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0635 Å2-0 Å20 Å2
2---2.2339 Å2-0 Å2
3---5.2973 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 28 862 6856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0538302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4072234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02990.31861010.2392374X-RAY DIFFRACTION90
2.0299-2.06160.29351500.22342330X-RAY DIFFRACTION93
2.0616-2.09540.21461130.21312474X-RAY DIFFRACTION96
2.0954-2.13150.28191380.20792472X-RAY DIFFRACTION95
2.1315-2.17030.26731520.21932474X-RAY DIFFRACTION98
2.1703-2.2120.26931570.20622508X-RAY DIFFRACTION99
2.212-2.25720.25431200.18792538X-RAY DIFFRACTION99
2.2572-2.30630.26251490.17822563X-RAY DIFFRACTION100
2.3063-2.35990.25341420.18232574X-RAY DIFFRACTION100
2.3599-2.41890.24421290.18192607X-RAY DIFFRACTION100
2.4189-2.48430.25871150.18722590X-RAY DIFFRACTION100
2.4843-2.55740.26141300.18492639X-RAY DIFFRACTION100
2.5574-2.640.1981310.17632561X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.73430.2261450.1672566X-RAY DIFFRACTION100
2.7343-2.84380.21011610.16752595X-RAY DIFFRACTION100
2.8438-2.97320.21521220.17022627X-RAY DIFFRACTION100
2.9732-3.12990.21421330.16972579X-RAY DIFFRACTION100
3.1299-3.3260.23181500.1692610X-RAY DIFFRACTION100
3.326-3.58270.20161310.15322647X-RAY DIFFRACTION100
3.5827-3.94310.19871510.1542618X-RAY DIFFRACTION100
3.9431-4.51330.19171150.13792669X-RAY DIFFRACTION100
4.5133-5.68470.16771550.13782680X-RAY DIFFRACTION100
5.6847-47.69940.21221640.19652775X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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