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Yorodumi- PDB-5zjg: Gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens compl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5zjg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens complexed with Gly-Gly | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE / theanine synthesis / transpeptidation / enzyme / protein engineering / substrate specificity / reaction specificity | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhypoglycin A gamma-glutamyl transpeptidase activity / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudomonas nitroreducens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.702 Å | ||||||
Authors | Hibi, T. / Imaoka, M. / Itoh, T. / Wakayama, M. | ||||||
Citation | Journal: Biosci. Biotechnol. Biochem. / Year: 2019Title: Crystal structure analysis and enzymatic characterization of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens. Authors: Hibi, T. / Imaoka, M. / Shimizu, Y. / Itoh, T. / Wakayama, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5zjg.cif.gz | 586.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5zjg.ent.gz | 491.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5zjg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5zjg_validation.pdf.gz | 479.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5zjg_full_validation.pdf.gz | 484.1 KB | Display | |
| Data in XML | 5zjg_validation.xml.gz | 43 KB | Display | |
| Data in CIF | 5zjg_validation.cif.gz | 63.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zjg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2dg5S S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 36847.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas nitroreducens (bacteria) / Gene: SAMN05216209_3923 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 20825.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas nitroreducens (bacteria) / Gene: SAMN05216209_3923 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-GLY / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.6 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 16% (w/v) PEG 8000, 15% (w/v) PEG 400, 0.1M HEPES (pH 7.0), 50mM glycylglycine |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.96401 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 22, 2009 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.96401 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.57→50 Å / Num. obs: 121960 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 26.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.57→1.6 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 5713 / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.567 / Χ2: 1.003 / % possible all: 90.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2dg5 Resolution: 1.702→20.067 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 19.72 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.702→20.067 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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