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- PDB-5zjg: Gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjg
タイトルGamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens complexed with Gly-Gly
要素
  • Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit
  • Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit
キーワードTRANSFERASE / theanine synthesis / transpeptidation / enzyme / protein engineering / substrate specificity / reaction specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglycin A gamma-glutamyl transpeptidase activity / glutathione gamma-glutamate hydrolase / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / Gamma-glutamyltranspeptidase, large (L) subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich ...Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / Gamma-glutamyltranspeptidase, large (L) subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Hibi, T. / Imaoka, M. / Itoh, T. / Wakayama, M.
引用ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure analysis and enzymatic characterization of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens.
著者: Hibi, T. / Imaoka, M. / Shimizu, Y. / Itoh, T. / Wakayama, M.
履歴
登録2018年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit
B: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit
C: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit
D: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,83110
ポリマ－115,3464
非ポリマー4846
水10,935607
1
A: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit
B: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9916
ポリマ－57,6732
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit
D: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8404
ポリマ－57,6732
非ポリマー1672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.537, 53.942, 107.260
Angle α, β, γ (deg.)91.45, 100.19, 108.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 L-subunit / gamma-glutamyltranspeptidase L-subunit


分子量: 36847.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216209_3923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami B (DE3) / 参照: UniProt: A0A239KXH0
#2: タンパク質 Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03 S-subunit / gamma-glutamyltranspeptidase S-subunit


分子量: 20825.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216209_3923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami B (DE3) / 参照: UniProt: A0A239KXH0
#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 15% (w/v) PEG 400, 0.1M HEPES (pH 7.0), 50mM glycylglycine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.96401 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 121960 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 5713 / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.567 / Χ2: 1.003 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dg5

2dg5


解像度: 1.702→20.067 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 2000 2.08 %
Rwork0.1548 --
obs0.1555 96046 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→20.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7909 0 31 607 8547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92411070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1124798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7022-1.74480.23531260.19625935X-RAY DIFFRACTION85
1.7448-1.79190.25261390.19456509X-RAY DIFFRACTION94
1.7919-1.84460.23551420.18676681X-RAY DIFFRACTION96
1.8446-1.90410.23141440.18736765X-RAY DIFFRACTION97
1.9041-1.97210.19391440.17226762X-RAY DIFFRACTION97
1.9721-2.0510.2051420.17116732X-RAY DIFFRACTION97
2.051-2.14420.2171450.1676797X-RAY DIFFRACTION97
2.1442-2.25720.20171430.16156752X-RAY DIFFRACTION97
2.2572-2.39840.17921460.15696854X-RAY DIFFRACTION98
2.3984-2.58320.19071450.15336803X-RAY DIFFRACTION98
2.5832-2.84250.18771470.15376868X-RAY DIFFRACTION98
2.8425-3.25230.17691450.15436839X-RAY DIFFRACTION99
3.2523-4.09180.17971460.13936908X-RAY DIFFRACTION99
4.0918-20.0680.17121460.14136841X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1773-0.10192.0143.3205-0.35963.52910.1798-0.51520.2830.1886-0.11480.0151-0.45940.1245-0.07560.18-0.07430.06330.2454-0.05520.1563-10.8932.99939.6141
21.8298-0.2869-0.2241.60350.4252.55940.1556-0.1898-0.1362-0.10570.00560.01380.340.2757-0.1230.1895-0.0159-0.05020.18870.05510.1785-8.889516.0146-1.0319
31.0571-1.1956-1.20123.49360.41461.77960.1173-0.2225-0.4725-0.1297-0.36650.98890.467-0.79360.22170.3222-0.1994-0.05120.52360.03010.5408-28.500713.78623.8267
43.9021-1.4368-0.54133.6993-0.0825.24490.0044-0.661-0.44770.51160.1387-0.08150.74240.4323-0.05350.46810.0112-0.11580.30570.10850.2511-7.77069.279211.1506
52.96211.5966-1.11383.2111-0.80962.8460.1196-0.086-0.433-0.01940.0949-0.03850.83010.3183-0.10350.47080.0507-0.10990.24030.05660.2656-5.96425.2898-1.3101
61.07681.36970.20075.9942-0.90140.34910.280.11010.2737-0.2434-0.098-0.1852-0.54730.3701-0.00570.5994-0.09660.18550.29640.01690.2497-2.13732.6462-14.5698
70.5443-0.22090.24920.0971-0.12550.29380.09420.26180.2122-0.5204-0.11040.0354-0.38710.03660.12151.05220.195-0.04790.23780.08180.1022-13.706934.0543-25.4347
80.73720.2902-0.02980.909-1.47322.68570.28730.16140.1271-0.5696-0.0873-0.1825-0.37830.39790.07320.78750.09640.15180.34720.00280.2269-1.63924.3555-25.8458
91.4499-0.00720.14630.09660.3921.61070.03970.2903-0.0144-0.1341-0.10380.0462-0.1426-0.02650.03280.9820.1961-0.05550.39-0.00740.204-12.813426.2944-36.5954
103.34911.3620.76576.92541.18741.1840.1843-0.34410.1069-0.0378-0.0654-0.1438-0.31260.2587-0.10680.2082-0.11110.03540.24110.00720.1459-7.597930.20460.7674
113.27840.8736-2.79773.12140.04222.60330.1248-0.0995-0.2976-0.1211-0.03780.52760.5747-0.3396-0.07130.3179-0.0926-0.1190.18940.06480.3116-18.573610.217-1.0736
121.6566-0.05760.29610.05790.13712.5850.33440.2623-0.2737-0.7943-0.2230.26850.4131-0.0768-0.0960.5890.0839-0.16670.2118-0.02780.3048-12.778210.6421-18.8366
131.531-0.9337-0.43981.9853-0.55030.90140.2810.03240.1472-0.4989-0.22040.0298-0.51720.2147-0.03550.4606-0.01790.01840.18290.02070.1371-10.074432.0911-11.3656
142.11570.101-0.34895.59310.15594.92180.07970.11330.3687-0.1549-0.10790.0203-0.5992-0.0349-0.02940.69660.108-0.08040.2038-0.00660.2987-18.173643.8195-10.6733
150.5951-0.50820.29371.59210.22782.14640.11710.0831-0.1219-0.4114-0.04970.26860.0867-0.1517-0.02120.69440.1544-0.2050.2339-0.0010.2773-22.176727.5328-22.8382
160.73250.21830.06690.1225-0.1511.3759-0.02170.13060.1659-0.22090.05420.2017-0.1425-0.3938-0.09330.73970.2768-0.36680.40490.00760.3686-30.567233.1354-21.6014
171.3862-0.25872.60470.2696-1.2537.56430.33870.0289-0.1731-0.6546-0.0880.45730.3119-0.6171-0.33420.55440.1051-0.20450.3163-0.04220.3575-26.796627.5161-18.2148
183.85773.83682.31915.0751.94872.55330.0496-0.02520.927-0.30020.06680.2023-0.99050.3603-0.0310.4971-0.07020.06930.2147-0.02720.2985-11.354941.4729-0.5795
198.86693.48012.07396.50971.30114.99370.2498-0.92790.47040.0262-0.39730.1441-0.6138-0.5590.16610.24770.0590.03980.2298-0.0370.2229-17.821435.53333.8892
202.53472.43671.74459.36136.77864.92880.5937-0.46042.62790.88630.00950.7414-0.4928-0.9589-0.62630.37420.11660.04810.28540.07190.3952-17.927319.1145-10.4644
211.1623-1.03020.36311.6344-0.66021.677-0.487-0.5882-0.05010.77290.5314-0.19330.2280.06540.01710.45460.2543-0.040.4221-0.04170.264-8.2422-4.223958.5319
221.20440.17880.03276-2.0032.0962-0.0642-0.0376-0.02440.0622-0.0117-0.0985-0.04830.02660.07810.08590.03980.03970.2068-0.0350.1901-16.66947.436341.4164
231.7695-0.34060.40642.161-0.41251.6607-0.275-0.44210.12010.56280.3759-0.32660.05580.0141-0.07590.31880.1777-0.03240.3097-0.07990.2534-12.23566.602555.7351
241.8405-0.905-0.20140.89660.11870.045-0.2675-0.38880.57070.38110.5162-1.0078-0.04710.2682-0.0850.29010.1382-0.15910.4552-0.28410.7147-0.90212.411654.3211
251.2122-0.0138-0.32855.02751.41.5502-0.0924-0.0131-0.14880.1863-0.07470.4210.0787-0.28680.17710.1070.02010.02950.2498-0.01360.2438-21.28811.085343.9035
263.8057-0.21760.37181.6781.17912.4095-0.16950.1818-0.55910.1154-0.14530.45690.2834-0.33040.29860.1766-0.05720.05480.2136-0.04170.2717-13.5854-18.399228.6967
274.0343-1.9937-1.32013.83011.9673.20340.08110.1624-0.0992-0.4056-0.21770.2457-0.2202-0.26610.1410.144-0.0244-0.00350.1858-0.01940.1547-12.1074-8.544924.7759
281.5755-1.2042-0.72253.09892.52682.12220.13740.3366-0.1154-0.3855-0.44880.4151-0.244-0.64910.2890.22530.0349-0.04230.3241-0.05160.2153-20.5893-5.726823.4006
292.55331.27460.17054.84390.40611.2452-0.3194-0.35230.20210.33760.3692-0.30870.10370.1689-0.02230.17680.1202-0.02250.2609-0.08690.27-8.2692.285350.6094
305.5851-1.37030.62063.52642.8263.17820.2340.37150.1758-0.5412-0.0153-0.3884-0.22420.2124-0.18230.2373-0.0010.0840.23740.00050.3051-9.32148.946531.6187
310.7304-1.0443-0.17152.06250.70511.0245-0.0928-0.0382-0.13250.17730.04750.20310.1396-0.08720.01640.1217-0.00680.05340.1898-0.0080.2226-12.6423-9.167539.7103
323.6175-0.58791.26882.6725-1.0184.4238-0.03910.2350.2363-0.1960.0695-0.2995-0.19550.4203-0.00360.1635-0.05310.05640.2007-0.04020.2448-0.2277-8.421729.0749
339.929-5.99337.00079.5473-5.7718.93440.18370.2367-0.0582-0.25310.0735-0.3619-0.11470.7217-0.21690.1565-0.03190.08080.2768-0.04430.24774.3492-16.684120.6654
341.8038-0.78860.3641.07431.40883.8101-0.2319-0.2683-0.12350.1770.2058-0.03730.05540.44090.03210.16980.04950.0350.1758-0.00260.2801-3.2176-11.574440.5506
352.5455-0.17271.10922.98540.42680.8677-0.2811-0.7202-0.27120.73120.43080.08590.19740.3042-0.13680.40650.2126-0.01360.3967-0.00090.3678-1.9077-12.311753.6968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 159 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 252 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 253 through 270 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 271 through 317 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 318 through 343 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 344 through 363 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 364 through 381 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 382 through 401 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 402 through 431 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 432 through 472 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 473 through 483 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 484 through 495 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 496 through 515 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 516 through 530 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 531 through 544 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 545 through 557 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 701 through 702 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 26 through 77 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 78 through 113 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 114 through 159 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 160 through 233 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 234 through 270 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 271 through 296 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 297 through 317 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 318 through 361 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 364 through 401 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 402 through 421 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 422 through 483 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 484 through 506 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 507 through 516 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 517 through 544 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 545 through 557 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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