PDB-6zmz: UDPG-bound Trehalose transferase from Thermoproteus uzoniensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zmz

タイトル

UDPG-bound Trehalose transferase from Thermoproteus uzoniensis

要素

Trehalose phosphorylase/synthase

キーワード

TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoproteus uzoniensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars.
著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2020年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zmz.cif.gz	100.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zmz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zj4C 6zj7C 6zjhC 6zn1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zj4-d 6zjh-d 2yhg-d 5ysf-1 5t4k-d 4pfd-2 7c6n-1 7c6k-d 7c6t-d 6a8z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDHK9associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Trehalose phosphorylase/synthase

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.045, 69.327, 98.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trehalose phosphorylase/synthase 分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TreT soaked with UDPG / 由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (古細菌) / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射	モノクロメーター: double-crystal monochromator (DCM) FMB-OXFORD (Oxford, UK) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→98.9 Å / Num. obs: 29213 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.056 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.337 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1838 / CC_1/2: 0.508 / R_pim(I) all: 0.836 / R_rim(I) all: 1.58 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Apo-Tret

解像度: 1.9→56.771 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.169 / SU B: 4.375 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.9015 / Average fsc work: 0.9121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	1445	4.953 %
R_work	0.1847	27727	-
all	0.187	-	-
obs	-	29172	99.036 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.214 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.036 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3184	0	43	98	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.648	4501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.267	1.578	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.501	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.086	21.285	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.001	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.693	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.35	3.942	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.347	3.94	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.418	5.903	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.417	5.905	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.098	4.402	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.097	4.403	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.97	6.422	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.969	6.423	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.53	45.794	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.519	45.735	3582

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.335	96	0.301	2006	0.303	2139	0.75	0.741	98.2702	0.29
1.949-2.003	0.326	100	0.273	1958	0.276	2086	0.763	0.804	98.6577	0.255
2.003-2.061	0.257	86	0.258	1922	0.258	2035	0.862	0.854	98.6732	0.237
2.061-2.124	0.279	71	0.227	1891	0.229	1986	0.871	0.903	98.7915	0.202
2.124-2.194	0.245	99	0.213	1786	0.215	1908	0.905	0.916	98.7945	0.187
2.194-2.27	0.245	84	0.205	1743	0.206	1843	0.91	0.922	99.1319	0.175
2.27-2.356	0.3	79	0.195	1716	0.199	1809	0.882	0.929	99.2261	0.166
2.356-2.452	0.249	97	0.19	1607	0.193	1717	0.925	0.937	99.2429	0.161
2.452-2.561	0.225	78	0.188	1579	0.19	1670	0.935	0.945	99.2216	0.157
2.561-2.686	0.216	90	0.18	1496	0.182	1599	0.936	0.953	99.187	0.152
2.686-2.83	0.249	77	0.185	1413	0.188	1506	0.924	0.948	98.9376	0.159
2.83-3.002	0.222	84	0.179	1357	0.182	1449	0.946	0.952	99.4479	0.157
3.002-3.208	0.223	73	0.173	1270	0.176	1352	0.943	0.957	99.3343	0.153
3.208-3.464	0.202	80	0.17	1193	0.172	1282	0.951	0.959	99.298	0.159
3.464-3.794	0.187	60	0.156	1114	0.158	1181	0.961	0.966	99.4073	0.15
3.794-4.239	0.222	60	0.152	998	0.155	1060	0.95	0.972	99.8113	0.149
4.239-4.89	0.137	43	0.15	915	0.149	966	0.976	0.974	99.1718	0.15
4.89-5.978	0.298	36	0.187	773	0.192	814	0.93	0.958	99.3857	0.186
5.978-8.408	0.203	37	0.209	609	0.209	649	0.967	0.954	99.5378	0.211
8.408-56.771	0.222	15	0.196	381	0.197	405	0.964	0.968	97.7778	0.207

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関連情報:EMDBヘッダ

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