PDB-6zjh: Trehalose transferase from Thermoproteus uzoniensis soaked with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zjh

タイトル

Trehalose transferase from Thermoproteus uzoniensis soaked with trehalose

要素

Trehalose phosphorylase/synthase

キーワード

TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation

機能・相同性

: / : / Trehalose synthase, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / glucose metabolic process / trehalose / Trehalose phosphorylase/synthase

機能・相同性情報

生物種

Thermoproteus uzoniensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars.
著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2020年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zjh.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zjh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zj4C 6zj7C 6zmzC 6zn1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zj7-d 7c6x-5 6zmz-d 6zj4-d 5f3q-d 7c19-2 7c6k-d 2f1g-d 3ii0-3 6mo6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDHJ9associated SAS data, Tret-Mg-Trehalose

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Trehalose phosphorylase/synthase

ヘテロ分子

45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.433, 68.387, 110.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Trehalose phosphorylase/synthase

分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoproteus uzoniensis (strain 768-20) (古細菌)
株: 768-20 / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanate, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日

放射

モノクロメーター: double-crystal monochromator (DCM) FMB-OXFORD (Oxford, UK)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→110.75 Å / Num. obs: 27421 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-110.75	5.1	0.026	433	0.999	0.016	0.031
2.1-2.16	6	1.576	2199	0.5	1.029	1.889

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-Tret

解像度: 2.1→58.188 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 7.794 / SU ML: 0.185 / Average fsc free: 0.8302 / Average fsc work: 0.8439 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	1381	5.046 %
R_work	0.1997	25989	-
all	0.202	-	-
obs	-	27370	99.535 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.211 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.559 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.347 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→58.188 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3170	0	29	91	3290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.276	1.654	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.133	1.589	7320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.547	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.675	21.229	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.889	15	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.724	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.661	5.312	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.66	5.31	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.119	7.961	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.119	7.964	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.111	5.794	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.11	5.795	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.069	8.506	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.068	8.507	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.896	61.544	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.885	61.49	3524

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.352	92	0.346	1884	0.347	1994	0.51	0.511	99.0973	0.33
2.154-2.213	0.33	103	0.325	1846	0.325	1962	0.6	0.577	99.3374	0.307
2.213-2.278	0.328	110	0.282	1784	0.285	1910	0.723	0.721	99.1623	0.254
2.278-2.348	0.349	104	0.262	1716	0.267	1825	0.756	0.81	99.726	0.234
2.348-2.424	0.281	83	0.267	1689	0.268	1780	0.844	0.834	99.5506	0.238
2.424-2.509	0.304	83	0.245	1643	0.248	1733	0.834	0.871	99.5961	0.213
2.509-2.604	0.311	84	0.24	1589	0.244	1678	0.868	0.882	99.702	0.21
2.604-2.71	0.291	95	0.233	1505	0.236	1605	0.88	0.898	99.6885	0.202
2.71-2.83	0.268	70	0.212	1486	0.215	1560	0.924	0.927	99.7436	0.183
2.83-2.968	0.309	73	0.207	1393	0.211	1469	0.912	0.932	99.7958	0.185
2.968-3.128	0.291	73	0.222	1349	0.225	1430	0.902	0.914	99.4406	0.204
3.128-3.317	0.303	70	0.231	1279	0.234	1350	0.879	0.911	99.9259	0.211
3.317-3.545	0.213	49	0.21	1208	0.21	1265	0.937	0.939	99.3676	0.199
3.545-3.828	0.22	56	0.182	1139	0.184	1200	0.943	0.958	99.5833	0.176
3.828-4.192	0.17	51	0.161	1027	0.161	1082	0.964	0.964	99.6303	0.16
4.192-4.684	0.207	58	0.154	947	0.157	1010	0.958	0.968	99.5049	0.157
4.684-5.402	0.245	42	0.152	833	0.156	883	0.96	0.972	99.094	0.154
5.402-6.602	0.236	43	0.187	728	0.19	772	0.943	0.959	99.8705	0.19
6.602-9.277	0.141	24	0.138	591	0.138	616	0.975	0.979	99.8377	0.146
9.277-58.188	0.177	18	0.2	353	0.199	374	0.974	0.967	99.1979	0.207

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