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- PDB-6zg9: Structure of M1-StaR-T4L in complex with GSK1034702 at 2.5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zg9
タイトルStructure of M1-StaR-T4L in complex with GSK1034702 at 2.5A
要素Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / neuromuscular synaptic transmission / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport ...saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / neuromuscular synaptic transmission / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / phosphatidylinositol phospholipase C activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / regulation of locomotion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of postsynaptic membrane potential / axon terminus / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cognition / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / presynaptic membrane / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / PHOSPHATE ION / Chem-QK2 / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rucktooa, P. / Cooke, R.M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: From structure to clinic: Design of a muscarinic M1 receptor agonist with potential to treatment of Alzheimer's disease.
著者: Brown, A.J.H. / Bradley, S.J. / Marshall, F.H. / Brown, G.A. / Bennett, K.A. / Brown, J. / Cansfield, J.E. / Cross, D.M. / de Graaf, C. / Hudson, B.D. / Dwomoh, L. / Dias, J.M. / Errey, J.C. ...著者: Brown, A.J.H. / Bradley, S.J. / Marshall, F.H. / Brown, G.A. / Bennett, K.A. / Brown, J. / Cansfield, J.E. / Cross, D.M. / de Graaf, C. / Hudson, B.D. / Dwomoh, L. / Dias, J.M. / Errey, J.C. / Hurrell, E. / Liptrot, J. / Mattedi, G. / Molloy, C. / Nathan, P.J. / Okrasa, K. / Osborne, G. / Patel, J.C. / Pickworth, M. / Robertson, N. / Shahabi, S. / Bundgaard, C. / Phillips, K. / Broad, L.M. / Goonawardena, A.V. / Morairty, S.R. / Browning, M. / Perini, F. / Dawson, G.R. / Deakin, J.F.W. / Smith, R.T. / Sexton, P.M. / Warneck, J. / Vinson, M. / Tasker, T. / Tehan, B.G. / Teobald, B. / Christopoulos, A. / Langmead, C.J. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Rucktooa, P. / Congreve, M.S. / Weir, M. / Tobin, A.B.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,19510
ポリマ－51,8331
非ポリマー2,3619
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.363, 66.571, 153.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 51833.414 Da / 分子数: 1
変異: F27A,T32A,V46L,L64A,T95A,W101A,S112A,A143L,A196T,K362A,A364L,S411A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11229, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-QK2 / 7-fluoranyl-5-methyl-3-[1-(oxan-4-yl)piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-one


分子量: 333.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 NaHEPES pH 7.4-7.8, 0.1M di-ammonium hydrogenohosphate, 30-38% PEG300
PH範囲: 7.4-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→76.551 Å / Num. obs: 14062 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 8.8 % / Rpim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.627 Å / Num. unique obs: 506 / Rpim(I) all: 1.857

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y00

2y00


解像度: 2.5→33.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 732 5.21 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 14053 61.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 174.96 Å2 / Biso mean: 52.08 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7331 Å20 Å20 Å2
2--18.0569 Å20 Å2
3----9.3238 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 159 23 3738
Biso mean--49.95 21.08 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1362SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3794HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion489SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4298SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3794HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5124HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.9
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 16 4.09 %
Rwork0.2453 375 -
all0.2455 391 -
obs--16.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48370.3790.40270.4508-0.51584.8838-0.04250.10730.0543-0.0040.0172-0.008-0.1217-0.19970.0253-0.24920.03540.0320.0619-0.0184-0.2687-7.192516.2917-4.5396
23.2676-0.0737-0.54051.7647-0.98074.12-0.10.2555-0.2939-0.39070.12070.04160.04970.1026-0.0207-0.2889-0.063-0.00980.20880.0395-0.1948-17.475912.179-8.6403
36.5854-2.72391.5515.4411-2.95985.3098-0.3161-0.2087-0.0821-0.0107-0.0707-0.2831-0.14860.30160.3869-0.1939-0.1022-0.04970.20220.1685-0.4368-17.37336.8145-41.1458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|20 - 219 }A20 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|354 - 439 }A354 - 439
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1002 - 1161 }A1002 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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