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- PDB-6zfz: Structure of M1-StaR-T4L in complex with 77-LH-28-1 at 2.17A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zfz
タイトルStructure of M1-StaR-T4L in complex with 77-LH-28-1 at 2.17A
要素Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / neuromuscular synaptic transmission ...saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / neuromuscular synaptic transmission / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / regulation of locomotion / regulation of postsynaptic membrane potential / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme ...Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Chem-QJT / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Rucktooa, P. / Cooke, R.M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: From structure to clinic: Design of a muscarinic M1 receptor agonist with potential to treatment of Alzheimer's disease.
著者: Brown, A.J.H. / Bradley, S.J. / Marshall, F.H. / Brown, G.A. / Bennett, K.A. / Brown, J. / Cansfield, J.E. / Cross, D.M. / de Graaf, C. / Hudson, B.D. / Dwomoh, L. / Dias, J.M. / Errey, J.C. ...著者: Brown, A.J.H. / Bradley, S.J. / Marshall, F.H. / Brown, G.A. / Bennett, K.A. / Brown, J. / Cansfield, J.E. / Cross, D.M. / de Graaf, C. / Hudson, B.D. / Dwomoh, L. / Dias, J.M. / Errey, J.C. / Hurrell, E. / Liptrot, J. / Mattedi, G. / Molloy, C. / Nathan, P.J. / Okrasa, K. / Osborne, G. / Patel, J.C. / Pickworth, M. / Robertson, N. / Shahabi, S. / Bundgaard, C. / Phillips, K. / Broad, L.M. / Goonawardena, A.V. / Morairty, S.R. / Browning, M. / Perini, F. / Dawson, G.R. / Deakin, J.F.W. / Smith, R.T. / Sexton, P.M. / Warneck, J. / Vinson, M. / Tasker, T. / Tehan, B.G. / Teobald, B. / Christopoulos, A. / Langmead, C.J. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Rucktooa, P. / Congreve, M.S. / Weir, M. / Tobin, A.B.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,41215
ポリマ－51,8331
非ポリマー3,57814
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.341, 65.631, 156.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 51833.414 Da / 分子数: 1
変異: F27A,T32A,V46L,L64A,T95A,W101A,S112A,A143L,A196T,K362A,A364L,S411A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11229, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 7種, 47分子

#2: 化合物 ChemComp-QJT / 1-[3-(4-butylpiperidin-1-yl)propyl]-3,4-dihydroquinolin-2-one / 1-[3-(4-ブチルピペリジノ)プロピル]-3,4-ジヒドロキノリン-2(1H)-オン


分子量: 328.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M NaHEPES pH 7.4-7.8, 0.1M di-ammonium hydrogenphosphate, 30-38% PEG300
PH範囲: 7.4-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50.3 Å / Num. obs: 25204 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 5.5 % / Rpim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.17→2.344 Å / Num. unique obs: 908 / Rpim(I) all: 1.382

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y00

2y00


解像度: 2.17→50.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1194 4.74 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.215 25204 72.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.33 Å2 / Biso mean: 47.75 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8527 Å20 Å20 Å2
2--5.5073 Å20 Å2
3----1.6546 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→50.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 249 33 3838
Biso mean--66.77 36 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1436SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes614HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3896HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion491SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4330SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3896HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5232HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.8
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 12 2.38 %
Rwork0.2318 493 -
all0.2346 505 -
obs--8.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7828-0.0483-0.20850.6279-0.162.1592-0.0063-0.2301-0.03840.0708-0.00720.0113-0.0064-0.02010.0135-0.1087-0.0095-0.0283-0.0055-0.0058-0.106920.874617.91936
25.60831.3782-0.8423.5569-1.37893.3624-0.18320.2866-0.1318-0.0311-0.1173-0.26970.23050.17430.3004-0.15040.07770.0434-0.12550.1079-0.30413.2308-3.051841.8884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|20 - A|219 A|354 - A|439 }A20 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|20 - A|219 A|354 - A|439 }A354 - 439
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1161 }A1002 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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