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万見
- PDB-4qq1: Crystal structure of the isotype 1 Transferrin binding protein B ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qq1
タイトルCrystal structure of the isotype 1 Transferrin binding protein B (TbpB) from serogroup B Neisseria meningitidis
要素Transferrin-binding protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Vaccine candidate / transferrin receptor / iron acquisition / surface lipoprotein / host-pathogen interaction / Iron piracy / Transferrin binding / outer-membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #240 / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B ...Lipocalin - #240 / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transferrin-binding protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2015
タイトル: Patterns of structural and sequence variation within isotype lineages of the Neisseria meningitidis transferrin receptor system.
著者: Adamiak, P. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin-binding protein 2
B: Transferrin-binding protein 2
C: Transferrin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,71314
ポリマ－178,3703
非ポリマー1,34311
水54030
1
A: Transferrin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0806
ポリマ－59,4571
非ポリマー6245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transferrin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8154
ポリマ－59,4571
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transferrin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8184
ポリマ－59,4571
非ポリマー3623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.330, 99.971, 160.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-603-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYGLNGLNchain AAA43 - 5767 - 540
2SERSERARGARGchain BBB42 - 5746 - 538
3SERSERGLNGLNchain CCC42 - 5756 - 539

-
要素

#1: タンパク質 Transferrin-binding protein 2 / TBP-2


分子量: 59456.605 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residued 58-599 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
株: serogroup B, strain B16B6 / 遺伝子: tbpB, tbp2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06988
#2: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.2M cesium chloride, sodium citrate pH 5.8, 1.8M ammonium sulfate, 15% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 275K

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→50 Å / Num. obs: 60615 / % possible obs: 98.671 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 98.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.891 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Χ2Diffraction-IDRmerge(I) obsNum. unique all% possible all
1.2881
1.2671
1.3511
1.391
1.4261
3.33-3.417.51.47110.673201397.5
3.41-3.57.51.51610.495206397.5
3.5-3.597.51.54410.407202498.1
3.59-3.77.51.6510.311206398.1
3.7-3.827.51.73510.261204598
3.82-3.957.51.82110.201203998.4
3.95-4.117.51.90910.169207898.5
4.11-4.37.51.90310.145204498.9
4.3-4.537.51.92610.104208098.9
4.53-4.817.51.97810.086207599
4.81-5.187.52.10710.079209299.2
5.18-5.77.52.08110.082210999.5
5.7-6.527.52.1610.074209899.7
6.52-8.217.42.47610.058211599.8
8.21-507.24.64610.044216999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å40.19 Å
Translation2.7 Å40.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.33→45.167 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3012 1440 4.94 %
Rwork0.2491 --
obs0.2516 60408 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 488.15 Å2 / Biso mean: 124.4591 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→45.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11773 0 25 30 11828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98416123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3024416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6836X-RAY DIFFRACTION17.262TORSIONAL
12B6836X-RAY DIFFRACTION17.262TORSIONAL
13C6836X-RAY DIFFRACTION17.262TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.33-3.38460.48691720.41932689286198
3.3846-3.44290.37791190.37992696281597
3.4429-3.50550.35541260.34282789291597
3.5055-3.57290.37211520.31912653280597
3.5729-3.64580.43071570.29672703286098
3.6458-3.7250.3321370.27962670280798
3.725-3.81160.32711370.28862759289698
3.8116-3.90690.36941480.27642680282898
3.9069-4.01250.35081520.27392802295498
4.0125-4.13050.28381250.24712673279898
4.1305-4.26370.32151460.25022738288499
4.2637-4.4160.21411500.21462758290899
4.416-4.59260.27311340.21162716285099
4.5926-4.80140.32061440.20522727287199
4.8014-5.05420.25561370.20842756289399
5.0542-5.37040.25121380.21362784292299
5.3704-5.78430.30861480.235227372885100
5.7843-6.3650.30821480.243427832931100
6.365-7.28270.3021320.263327792911100
7.2827-9.16280.26561440.239427782922100
9.1628-45.17070.26921380.23162754289299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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