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- PDB-6zet: Crystal structure of proteinase K nanocrystals by electron diffra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zet
タイトルCrystal structure of proteinase K nanocrystals by electron diffraction with a 20 micrometre C2 condenser aperture
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / Protease / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Evans, G. / Zhang, P. / Beale, E.V. / Waterman, D.G.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1 英国
Wellcome Trust202933/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: A Workflow for Protein Structure Determination From Thin Crystal Lamella by Micro-Electron Diffraction.
著者: Emma V Beale / David G Waterman / Corey Hecksel / Jason van Rooyen / James B Gilchrist / James M Parkhurst / Felix de Haas / Bart Buijsse / Gwyndaf Evans / Peijun Zhang /
要旨: MicroED has recently emerged as a powerful method for the analysis of biological structures at atomic resolution. This technique has been largely limited to protein nanocrystals which grow either as ...MicroED has recently emerged as a powerful method for the analysis of biological structures at atomic resolution. This technique has been largely limited to protein nanocrystals which grow either as needles or plates measuring only a few hundred nanometers in thickness. Furthermore, traditional microED data processing uses established X-ray crystallography software that is not optimized for handling compound effects that are unique to electron diffraction data. Here, we present an integrated workflow for microED, from sample preparation by cryo-focused ion beam milling, through data collection with a standard Ceta-D detector, to data processing using the DIALS software suite, thus enabling routine atomic structure determination of protein crystals of any size and shape using microED. We demonstrate the effectiveness of the workflow by determining the structure of proteinase K to 2.0 Å resolution and show the advantage of using protein crystal lamellae over nanocrystals.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Structure summary / カテゴリ: em_entity_assembly
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年2月14日Group: Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9992
ポリマ－28,9591
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.365, 67.365, 106.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sigma-Aldrich, P2308 / 由来: (合成) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: proteinase K / タイプ: COMPLEX / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 25 mM / 名称: Tris
試料濃度: 50 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K
詳細: Excess liquid was removed by blotting for 4-6s with a Vitrobot

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA / 日付: 2018年4月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 20 µm
撮影

Imaging-ID: 1 / 平均露光時間: 0.85 sec. / 電子線照射量: 0.034 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 詳細: The images were recorded using a Ceta-D detector operated in rolling-shutter mode with 2x2 binning.

IDNum. of diffraction images
122
229
354
448
579
629
736
828
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1750 mm
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 88.5 % / 再高解像度: 2.7 Å / 測定した強度の数: 78458 / 構造因子数: 6274 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 0.1 ° / 位相誤差の除外基準: none / Rmerge: 0.51 / Rsym: 0.51
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge F all: 1.313 / Rmerge(I) all: 1.275 / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 8010 / Num. unique obs: 760 / CC1/2: 0.498 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 1.389 / Χ2: 0.89 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALS1.1データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8Phaser2.8.2分子置換
10POINTLESS1.11.12対称性決定
11AIMLESS0.7.1crystallography merging
13REFMAC5.8.0258モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.3653 Å / B: 67.3653 Å / C: 106.784 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 2ID8

2id8


Accession code: 2ID8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ID8

2id8


解像度: 2.701→57.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.204 / Average fsc free: 0.8762 / Average fsc work: 0.8959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.454 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 297 4.803 %
Rwork0.2247 5887 -
all0.227 --
obs-6184 85.925 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 7.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.134 Å2-0 Å20 Å2
2---0.134 Å20 Å2
3---0.267 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0070.0122067
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.2071.6312810
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg5.0265277
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg34.44221.97996
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg16.1215299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg19.9751512
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0530.2278
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0030.021610
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2030.21076
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.3150.21467
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1430.277
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined0.0360.22
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.1910.233
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2160.24
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it2.9920.5831111
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it3.7960.861387
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it4.8970.806956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it5.5361.0811423
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it5.4998.753291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.701-2.7710.402150.289389ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY80.9619
2.771-2.8470.399180.271396ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY81.1765
2.847-2.9290.328260.27389ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.3333
2.929-3.020.301150.247385ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY84.3882
3.02-3.1180.356230.273368ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY85.3712
3.118-3.2280.196230.214368ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.6682
3.228-3.350.259230.223361ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY86.6817
3.35-3.4860.262130.215352ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.9518
3.486-3.6410.221160.191336ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.3449
3.641-3.8190.173190.181328ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.6263
3.819-4.0250.297120.178312ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY88.0435
4.025-4.2690.307140.175296ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.8187
4.269-4.5630.2130.153279ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.4251
4.563-4.9280.225110.16266ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY88.4984
4.928-5.3970.159140.195235ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY86.1592
5.397-6.0320.209100.236232ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.6812
6.032-6.9610.253140.245188ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.069
6.961-8.5170.1860.246181ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.7934
8.517-12.0060.49360.32138ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY85.7143
12.006-57.040.53860.55588ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY86.2385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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