PDB-6yxh: Cryogenic human alkaline ceramidase 3 (ACER3) at 2.6 A resolution...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yxh

タイトル

Cryogenic human alkaline ceramidase 3 (ACER3) at 2.6 A resolution determined by Serial Crystallography (SSX) using CrystalDirect

要素

Alkaline ceramidase 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Alkaline ceramidase / ACER3 / serial synchrotron crystallography / SSX / CrystalDirect / LCP crystallisation / in meso / HTX facility / Membrane proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

: / phytosphingosine biosynthetic process / : / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / ceramide catabolic process / regulation of programmed cell death / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A.

資金援助

European Union, 3件

引用

ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2021
タイトル: An automated platform for structural analysis of membrane proteins through serial crystallography.
著者: Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Cong, X. / Golebiowski, J. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yxh.cif.gz	160.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yxh.ent.gz	128.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yxh_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yxh_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	6yxh_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6yxh_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yx9C 6yxdC 6yxfC 6yxgC 6g7oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g7o-d 3nya-d 5d5a-d 5d5b-d 3pds-d 3ktd-1 5cr4-d 6ps3-d 3db9-1 6aqh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alkaline ceramidase 3

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.47, 69.97, 259.49
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Alkaline ceramidase 3 / Alkaline CDase 3 / Alkaline dihydroceramidase SB89 / Alkaline phytoceramidase / aPHC 分子量: 40491.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACER3, APHC, PHCA / 発現宿主: Spodoptera frugiperda / Variant (発現宿主): BOLD-2017 参照: UniProt: Q9NUN7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, ceramidase

#1: タンパク質

Alkaline ceramidase 3 / Alkaline CDase 3 / Alkaline dihydroceramidase SB89 / Alkaline phytoceramidase / aPHC

分子量: 40491.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACER3, APHC, PHCA / 発現宿主: Spodoptera frugiperda / Variant (発現宿主): BOLD-2017
参照: UniProt: Q9NUN7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, ceramidase

-
非ポリマー , 6種, 72分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 30 or 50 nl bolus overlaid with 600 nl precipitant solution in CrystalDirect plate-2. 41% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 75 mM magnesium sulfate and 5% DMSO. Crystallisation experiments were ...詳細: 30 or 50 nl bolus overlaid with 600 nl precipitant solution in CrystalDirect plate-2. 41% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 75 mM magnesium sulfate and 5% DMSO. Crystallisation experiments were carried out at the HTX facility of EMBL Grenoble. LCP bolus were harvested automatically at cryogenic condition using CrystalDirect technology.

結晶

マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30 or 50 nl bolus overlaid with 600 nl precipitant solution in CrystalDirect plate-2. 41% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 75 mM magnesium sulfate and 5% DMSO. Crystallisation experiments were ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.01 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 1275 / CC_1/2: 0.33
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (6-FEB-2020)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G7O

6g7o

解像度: 2.6→46.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.855 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.839 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.428 / SU R_free Blow DPI: 0.294 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.296

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	885	-	RANDOM
R_work	0.2315	-	-	-
obs	0.234	17701	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-21.6831 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.1797 Å²	0 Å²
3-	-	-	17.5034 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2855	0	36	60	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2959	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	4028	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		988	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		478	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2959	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		380	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2373	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.93
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.35

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.62 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3495	20	-
R_work	0.3224	-	-
obs	0.3237	403	100 %

精密化 TLS

Origin x: 20.4852 Å / Origin y: 5.6041 Å / Origin z: -40.0276 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1525 Å²	0.0515 Å²	-0.0192 Å²	-	-0.1305 Å²	0.0177 Å²	-	-	-0.1095 Å²
L	0.8482 °²	-0.1087 °²	0.4773 °²	-	1.3296 °²	0.8393 °²	-	-	2.2172 °²
S	-0.0832 Å °	0.5342 Å °	0.1547 Å °	0.5342 Å °	0.1157 Å °	-0.2209 Å °	0.1547 Å °	-0.2209 Å °	-0.0325 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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