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- PDB-6yvv: Condensin complex from S.cerevisiae ATP-free apo bridged state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yvv
タイトルCondensin complex from S.cerevisiae ATP-free apo bridged state
要素
  • Condensin complex subunit 1,Ycs4
  • Condensin complex subunit 2,Brn1
  • Structural maintenance of chromosomes protein 2,Structural maintenance of chromosomes protein 2
  • Structural maintenance of chromosomes protein 4
キーワードCELL CYCLE / essential for the functional organization of genomes
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / nucleophagy ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / synaptonemal complex assembly / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein ...Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Condensin complex subunit 1 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Lee, B.-G. / Cawood, C. / Gutierrez-Escribano, P. / Nakane, T. / Merkel, F. / Hassler, M. / Haering, C.H. / Aragon, L. / Lowe, J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC-A652-5PY00 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of holo condensin reveal a subunit flip-flop mechanism.
著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol ...著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Takanori Nakane / Juri Rappsilber / Luis Aragon / Martin Beck / Jan Löwe / Christian H Haering /
要旨: Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The ...Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The eukaryotic SMC complexes cohesin and condensin are thought to fold interphase and mitotic chromosomes, respectively, into large loop domains, although the underlying molecular mechanisms have remained unknown. We used cryo-EM to investigate the nucleotide-driven reaction cycle of condensin from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our structures of the five-subunit condensin holo complex at different functional stages suggest that ATP binding induces the transition of the SMC coiled coils from a folded-rod conformation into a more open architecture. ATP binding simultaneously triggers the exchange of the two HEAT-repeat subunits bound to the SMC ATPase head domains. We propose that these steps result in the interconversion of DNA-binding sites in the catalytic core of condensin, forming the basis of the DNA translocation and loop-extrusion activities.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10952
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein 2,Structural maintenance of chromosomes protein 2
B: Structural maintenance of chromosomes protein 4
C: Condensin complex subunit 2,Brn1
D: Condensin complex subunit 1,Ycs4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,0664
ポリマ－519,0664
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10970 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area113660 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 2,Structural maintenance of chromosomes protein 2 / DA-box protein SMC2


分子量: 134806.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SMC2, YFR031C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38989
#2: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 4


分子量: 162435.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SMC4, YLR086W, L9449.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12267
#3: タンパク質 Condensin complex subunit 2,Brn1 / Barren homolog / CAPH homolog


分子量: 87940.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: BRN1, YBL097W, YBL0830 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38170
#4: タンパク質 Condensin complex subunit 1,Ycs4 / XCAP-D2 homolog


分子量: 133882.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: YCS4, LOC7, YLR272C, L8479.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06156

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Condensin / タイプ: COMPLEX
詳細: complex of 5 protein subunits: Smc2; Smc4; Brn1; Ycs4; Ycg1
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 500 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分名称: Tris
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 100 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10000
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
3SerialEM画像取得
5GctfCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELIONモデル精密化
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24593 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
14RSI

4rsi

A4RSI1
24RSI

4rsi

B4RSI1
36QJ2

6qj2

A6QJ22
46QJ2

6qj2

B6QJ22
56CJ3

6cj3

A6CJ33
66C63

6c63

A6C634
76Q6E

6q6e

6Q6E5
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00115624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46421067
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.3862113
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372518
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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