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- PDB-4zxb: Structure of the human insulin receptor ectodomain, IRDeltabeta c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zxb | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of the human insulin receptor ectodomain, IRDeltabeta construct, in complex with four Fab molecules | ||||||||||||||||||
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![]() | HORMONE RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / receptor tyrosine kinase extracellular domain antibody fragments / HORMONE RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() regulation of female gonad development / positive regulation of B cell activation / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / male sex determination / exocrine pancreas development ...regulation of female gonad development / positive regulation of B cell activation / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / positive regulation of type IIa hypersensitivity / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / positive regulation of protein-containing complex disassembly / cargo receptor activity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / dendritic spine maintenance / insulin binding / PTB domain binding / adrenal gland development / phagocytosis, engulfment / neuronal cell body membrane / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / activation of protein kinase activity / endosome to lysosome transport / amyloid-beta clearance / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / positive regulation of receptor internalization / regulation of embryonic development / transport across blood-brain barrier / insulin receptor substrate binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / immunoglobulin mediated immune response / epidermis development / Signal attenuation / phosphatidylinositol 3-kinase binding / heart morphogenesis / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / dendrite membrane / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / multivesicular body / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / B cell differentiation / receptor-mediated endocytosis / learning / caveola / complement activation, classical pathway / positive regulation of glucose import / antigen binding / response to bacterium / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / receptor internalization / receptor protein-tyrosine kinase / memory / cellular response to growth factor stimulus / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to insulin stimulus / male gonad development / positive regulation of immune response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / late endosome / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / antibacterial humoral response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / receptor complex / blood microparticle / endosome membrane / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / axon / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Croll, T. / Smith, B.J. / Margetts, M.B. / Whittaker, J. / Weiss, M.A. / Ward, C.W. / Lawrence, M.C. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Higher-Resolution Structure of the Human Insulin Receptor Ectodomain: Multi-Modal Inclusion of the Insert Domain. Authors: Croll, T.I. / Smith, B.J. / Margetts, M.B. / Whittaker, J. / Weiss, M.A. / Ward, C.W. / Lawrence, M.C. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 566.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 56.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: C2 (2 fold cyclic)) |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#5: Protein | Mass: 102279.945 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: Y144H, V731A, T732G, V733N, A734N, residues 735-753 deleted Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Antibody | Mass: 23414.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Original Mab obtained from a mouse hybridoma cell line Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 24385.072 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original Mab was obtained from a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 23622.672 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original mAb was obtained from a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Antibody | Mass: 23514.807 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original mAb was obtained form a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Sugars , 5 types, 10 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #10: Sugar | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.95 Å3/Da / Density % sol: 75.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Crystals were produced by vapour diffusion using 1 microlitre of the complex (2.6 mg/ml) in 10 mM HEPES (pH 7.5), 0.02% sodium azide and 10% D-trehalose solution and 1 microlitres of well ...Details: Crystals were produced by vapour diffusion using 1 microlitre of the complex (2.6 mg/ml) in 10 mM HEPES (pH 7.5), 0.02% sodium azide and 10% D-trehalose solution and 1 microlitres of well solution containing 10% PEG 8000, 0.1 M MES (pH 6.5) and 0.1 M MgAc2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→35 Å / Num. obs: 57953 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 90.48 Å2 / Net I/σ(I): 11.39 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / % possible all: 86.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.3→34.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9258 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9127 / SU R Cruickshank DPI: 0.978 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.854 / SU Rfree Blow DPI: 0.359 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.37
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Displacement parameters | Biso mean: 134.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.912 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→34.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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