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Yorodumi- PDB-4zxb: Structure of the human insulin receptor ectodomain, IRDeltabeta c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4zxb | ||||||||||||||||||
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| Title | Structure of the human insulin receptor ectodomain, IRDeltabeta construct, in complex with four Fab molecules | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | HORMONE RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / receptor tyrosine kinase extracellular domain antibody fragments / HORMONE RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of B cell activation / regulation of female gonad development / phagocytosis, recognition / positive regulation of meiotic cell cycle / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / positive regulation of type IIa hypersensitivity / male sex determination ...positive regulation of B cell activation / regulation of female gonad development / phagocytosis, recognition / positive regulation of meiotic cell cycle / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / positive regulation of type IIa hypersensitivity / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / positive regulation of type I hypersensitivity / exocrine pancreas development / antibody-dependent cellular cytotoxicity / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / immunoglobulin complex, circulating / insulin binding / adrenal gland development / neuronal cell body membrane / PTB domain binding / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / antigen processing and presentation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of endocytosis / regulation of embryonic development / insulin receptor substrate binding / protein kinase activator activity / complement activation, classical pathway / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / heart morphogenesis / antigen binding / transport across blood-brain barrier / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / multivesicular body / dendrite membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of glycolytic process / B cell differentiation / positive regulation of D-glucose import / learning / response to bacterium / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of immune response / caveola / cellular response to growth factor stimulus / receptor internalization / memory / male gonad development / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / insulin receptor signaling pathway / late endosome / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / protein autophosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / axon / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Croll, T. / Smith, B.J. / Margetts, M.B. / Whittaker, J. / Weiss, M.A. / Ward, C.W. / Lawrence, M.C. | ||||||||||||||||||
| Funding support | Australia, 5items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2016Title: Higher-Resolution Structure of the Human Insulin Receptor Ectodomain: Multi-Modal Inclusion of the Insert Domain. Authors: Croll, T.I. / Smith, B.J. / Margetts, M.B. / Whittaker, J. / Weiss, M.A. / Ward, C.W. / Lawrence, M.C. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4zxb.cif.gz | 679.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4zxb.ent.gz | 566.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4zxb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4zxb_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4zxb_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 4zxb_validation.xml.gz | 62.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 4zxb_validation.cif.gz | 82 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: C2 (2 fold cyclic)) |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
| #5: Protein | Mass: 102279.945 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: Y144H, V731A, T732G, V733N, A734N, residues 735-753 deleted Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pEE14 / Cell line (production host): Lec8 / Production host: ![]() |
|---|
-Antibody , 4 types, 4 molecules ABCD
| #1: Antibody | Mass: 23414.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Original Mab obtained from a mouse hybridoma cell line Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 24385.072 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original Mab was obtained from a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #3: Antibody | Mass: 23622.672 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original mAb was obtained from a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #4: Antibody | Mass: 23514.807 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The original mAb was obtained form a mouse hybridoma Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 5 types, 10 molecules 
| #6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #10: Sugar | |
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-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.95 Å3/Da / Density % sol: 75.15 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Crystals were produced by vapour diffusion using 1 microlitre of the complex (2.6 mg/ml) in 10 mM HEPES (pH 7.5), 0.02% sodium azide and 10% D-trehalose solution and 1 microlitres of well ...Details: Crystals were produced by vapour diffusion using 1 microlitre of the complex (2.6 mg/ml) in 10 mM HEPES (pH 7.5), 0.02% sodium azide and 10% D-trehalose solution and 1 microlitres of well solution containing 10% PEG 8000, 0.1 M MES (pH 6.5) and 0.1 M MgAc2. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2006 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→35 Å / Num. obs: 57953 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 90.48 Å2 / Net I/σ(I): 11.39 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / % possible all: 86.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 3.3→34.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9258 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9127 / SU R Cruickshank DPI: 0.978 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.854 / SU Rfree Blow DPI: 0.359 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.37
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| Displacement parameters | Biso mean: 134.12 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.912 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→34.46 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 5items
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