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万見
- PDB-6ytu: Atomic-resolution structure of the coiled-coil dimerisation domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ytu
タイトルAtomic-resolution structure of the coiled-coil dimerisation domain of human Arc
要素Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Arc / oligomerisation / coiled coil / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / postsynaptic endosome / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis ...virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / postsynaptic endosome / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of long-term synaptic potentiation / anterior/posterior pattern specification / response to morphine / regulation of long-term synaptic depression / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of neuronal synaptic plasticity / long-term memory / mRNA transport / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / learning / response to cocaine / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / protein homooligomerization / long-term synaptic potentiation / endocytosis / cell migration / extracellular vesicle / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / dendritic spine / response to ethanol / membrane raft / neuronal cell body / mRNA binding / glutamatergic synapse / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Hallin, E.I. / Touma, C. / Bramham, C.R. / Kursula, P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Norwegian Research Council ノルウェー
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Arc self-association and formation of virus-like capsids are mediated by an N-terminal helical coil motif.
著者: Eriksen, M.S. / Nikolaienko, O. / Hallin, E.I. / Grodem, S. / Bustad, H.J. / Flydal, M.I. / Merski, I. / Hosokawa, T. / Lascu, D. / Akerkar, S. / Cuellar, J. / Chambers, J.J. / O'Connell, R. ...著者: Eriksen, M.S. / Nikolaienko, O. / Hallin, E.I. / Grodem, S. / Bustad, H.J. / Flydal, M.I. / Merski, I. / Hosokawa, T. / Lascu, D. / Akerkar, S. / Cuellar, J. / Chambers, J.J. / O'Connell, R. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Touma, C. / Kanhema, T. / Hayashi, Y. / Stratton, M.M. / Valpuesta, J.M. / Kursula, P. / Martinez, A. / Bramham, C.R.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
B: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2065
ポリマ－8,9342
非ポリマー2723
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area6160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.844, 42.556, 67.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / hArc / Activity-regulated gene 3.1 protein homolog / Arg3.1


分子量: 4467.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7LC44
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 45% MPD, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→100 Å / Num. obs: 44960 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.907 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1366 / CC1/2: 0.384 / Rrim(I) all: 1.455 / Rsym value: 1.282 / % possible all: 38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.95→100 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1241 2242 5 %random
Rwork0.1032 ---
obs0.1042 44785 90.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数627 0 17 114 758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0187803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7081093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1292103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0147143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5281328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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