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- PDB-4yu8: Crystal structure of Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yu8
タイトルCrystal structure of Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1
要素Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / BMP Binding Protein / NBL1 DAN domain family member 1 BMP-binding / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of BMP from receptor via BMP binding / sequestering of BMP in extracellular matrix / negative regulation of monocyte chemotaxis / determination of dorsal identity / morphogen activity / BMP binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / neuron projection morphogenesis / nervous system development ...sequestering of BMP from receptor via BMP binding / sequestering of BMP in extracellular matrix / negative regulation of monocyte chemotaxis / determination of dorsal identity / morphogen activity / BMP binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / neuron projection morphogenesis / nervous system development / receptor ligand activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neuroblastoma suppressor of tumourigenicity 1 / DAN / DAN domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ren, J. / Nettleship, J.E. / Stammers, D.K. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1
著者: Ren, J. / Nettleship, J.E. / Stammers, D.K. / Owens, R.J.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4243
ポリマ－15,1101
非ポリマー3132
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area5210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.069, 37.069, 127.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1 / DAN domain family member 1 / Protein N03 / Zinc finger protein DAN


分子量: 15110.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NBL1, DAN, DAND1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P41271
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 25 %w/v, Magnesium Chloride 0.2M, bis-Tris 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.278 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.278 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 10031 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 59
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x1j

4x1j


解像度: 1.8→42.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.111 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25778 479 4.8 %RANDOM
Rwork0.21411 ---
obs0.21605 9496 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.872 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20.2 Å2-0 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数547 0 20 50 617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.019606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.967826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76531329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24325.83324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34915106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.703152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02125
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.012.559297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9992.55296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7973.809371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7963.819372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2412.825309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2392.831310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.084.156453
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.64820.645616
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.29920.204597
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 36 -
Rwork0.36 657 -
obs--92.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.7061 Å / Origin y: -8.1137 Å / Origin z: 4.4482 Å
111213212223313233
T0.108 Å2-0.0594 Å20.0015 Å2-0.048 Å2-0.0034 Å2--0.0032 Å2
L1.7637 °20.3718 °2-1.4767 °2-2.0532 °2-0.4646 °2--9.3565 °2
S0.0498 Å °-0.1005 Å °0.02 Å °-0.0517 Å °-0.0126 Å °0.0787 Å °-0.2353 Å °0.0502 Å °-0.0372 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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