PDB-1yod: Crystal structure of a water soluble analog of phospholamban

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yod

タイトル

Crystal structure of a water soluble analog of phospholamban

要素

water-solublized phospholamban

キーワード

DE NOVO PROTEIN / protein design / water-soluble

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Slovic, A.M. / Stayrook, S.E. / North, B. / DeGrado, W.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of a water-soluble analog of the membrane protein phospholamban: sequence determinants defining the topology of tetrameric and pentameric coiled coils.
著者: Slovic, A.M. / Stayrook, S.E. / North, B. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2005年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 999

SEQUENCE At the time of processing no suitable sequence database reference was found

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yod.cif.gz	36.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yod.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5pop-2 5rju-d 6pw8-d 5pvf-2 5rkw-d 5pre-2 5pui-2 5pug-2 5pp8-2 5s97-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: water-solublized phospholamban

B: water-solublized phospholamban

7.48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: water-solublized phospholamban

B: water-solublized phospholamban

A: water-solublized phospholamban

B: water-solublized phospholamban

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.996, 46.996, 120.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質・ペプチド	water-solublized phospholamban 分子量: 3741.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic protein
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1,6 hexanediol, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9765, 0.9766, 0.9643

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月3日

放射

モノクロメーター: super-bend magnet / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9765	1
2	0.9766	1
3	0.9643	1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 7887 / Num. obs: 7658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / B_iso Wilson estimate: 25.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 625 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 2.247 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25724	538	6.9 %	RANDOM
R_work	0.20867	-	-	-
all	0.21176	7887	-	-
obs	0.21176	7304	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	489	0	0	62	551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.022	489
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.984	649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.826	5	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	95
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.309	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.536	1.5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.708	2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.341	3	204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.49	4.5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.504	2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.101	2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.783	2	489

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.286	40
R_work	0.223	510

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関連情報:EMDBヘッダ

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