[日本語] English
万見
- PDB-6yrt: Transaldolase variant T30D from T. acidophilum in complex with D-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yrt
タイトルTransaldolase variant T30D from T. acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate
要素Transaldolase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING / TIM BARREL / SCHIFF BASE / Large-scale motions / Substrate binding / rate-determining product release
機能・相同性
機能・相同性情報


transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 3B, putative / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / Probable transaldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sautner, V. / Klaus, M. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Large-scale motions underlie physical but not chemical steps in transaldolase mechanism: Substrate binding by conformational selection and rate-determining product release
著者: Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Klaus, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transaldolase
B: Transaldolase
C: Transaldolase
D: Transaldolase
E: Transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,81622
ポリマ－122,5435
非ポリマー2,27417
水7,782432
1
A: Transaldolase
B: Transaldolase
C: Transaldolase
D: Transaldolase
E: Transaldolase
ヘテロ分子

A: Transaldolase
B: Transaldolase
C: Transaldolase
D: Transaldolase
E: Transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,63344
ポリマ－245,08510
非ポリマー4,54734
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area51000 Å2
ΔGint-365 kcal/mol
Surface area75170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.042, 172.522, 100.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

GOL

21C-304-

ACT

31C-304-

ACT

41C-483-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Transaldolase


分子量: 24508.529 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: tal, Ta0616 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物
ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸


分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 188 mM ammonium acetate (pH 4.4), 10% (w/v) PEG 6000, and 25% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→112.784 Å / Num. obs: 153963 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.561 % / Biso Wilson estimate: 35.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 29.59 / Num. measured all: 2087960 / Scaling rejects: 102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.7513.7611.1032.91247170.9131.14599.8
1.75-1.8513.9850.5395.57197180.9760.55999.8
1.85-1.9514.0570.2869.99159040.9920.29799.8
1.95-2.0513.9550.16216.14129920.9970.16999.8
2.05-313.5250.05139.995475810.05399.8
3-612.9090.03170.79228000.9990.03399.8
6-1011.2620.03268.6625190.9980.03394.9
10-207.2960.03653.344800.9950.0471.2
20-505.7390.03846.52690.9930.04267
50-1002.60.03933.8550.9960.04862.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S0C

3s0c


解像度: 1.65→112.784 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 7697 5 %
Rwork0.168 --
obs0.1689 153899 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.52 Å2 / Biso mean: 55.6463 Å2 / Biso min: 27.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→112.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8462 0 149 434 9045
Biso mean--49.41 52.26 -
残基数----1097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.65-1.66880.32912530.29774796
1.6688-1.68840.28782550.26644850
1.6884-1.7090.25422550.2344844
1.709-1.73060.2582560.22674858
1.7306-1.75340.24932540.21774820
1.7534-1.77740.23582560.21134848
1.7774-1.80280.23652560.21014857
1.8028-1.82970.22182550.19074872
1.8297-1.85830.21832530.18684819
1.8583-1.88880.23942560.18044855
1.8888-1.92140.18312550.17834851
1.9214-1.95630.2172560.18094855
1.9563-1.99390.21182560.18324871
1.9939-2.03460.20212560.18484863
2.0346-2.07890.20852580.18444889
2.0789-2.12720.21252550.17954849
2.1272-2.18040.19752560.17674868
2.1804-2.23940.23262590.18014908
2.2394-2.30530.21392550.17674855
2.3053-2.37970.19862570.17524880
2.3797-2.46480.18242570.17464877
2.4648-2.56350.19222570.1714895
2.5635-2.68010.21322580.17644888
2.6801-2.82150.19342570.17924899
2.8215-2.99820.18962600.16654925
2.9982-3.22970.16822580.16864910
3.2297-3.55480.17722600.17294929
3.5548-4.06920.1762600.1474959
4.0692-5.12680.14922630.13244995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7143-1.5886-0.11122.28761.45711.4772-0.23680.3686-0.8795-0.30420.0453-0.09051.7861-0.40390.06861.1234-0.13780.20580.4962-0.15820.66983.7203-73.1722-0.5764
25.7021-0.0714-0.52252.4441.20144.37650.2578-0.1361-0.6713-0.1359-0.2536-0.78571.48610.67570.02540.85440.16090.10230.5524-0.08020.612212.9165-72.8406-5.2004
32.09950.3507-0.27323.0113-0.15482.006-0.21060.4928-0.4157-0.6798-0.0285-0.22750.7177-0.1630.16130.6619-0.03120.12960.5969-0.1560.407711.5242-60.9214-14.0317
41.18240.2603-0.69460.9532-0.38771.5968-0.070.1099-0.1642-0.1406-0.0086-0.00660.1624-0.01520.07180.2984-0.01230.00490.34-0.06090.34077.3966-56.05853.8778
54.8221-0.56140.98873.51760.41615.70210.0665-0.4181-1.08160.2372-0.15160.79750.9927-0.96150.00020.7771-0.14950.07020.6448-0.02180.9846-11.559-84.009823.3328
61.62880.0888-1.12811.4259-0.20122.31890.23980.4712-0.091-0.4721-0.2576-0.4546-0.01280.5437-0.0310.66330.03040.13710.62320.0330.455417.8163-32.5424-10.7534
71.75360.22710.35693.6267-0.29782.18940.1090.64360.4112-0.5332-0.1499-0.76960.05370.9275-0.01770.68110.02720.19820.73720.12210.577121.1114-24.9165-10.9754
84.04811.30940.40612.7556-0.89511.4939-0.10470.68840.6387-0.4096-0.0962-0.4813-0.53220.6680.11141.07620.11940.22940.95010.21490.545917.8349-22.3783-19.1036
92.8914-0.9682-0.20044.05380.22821.59590.40090.5120.4083-0.1952-0.3134-0.1664-0.4537-0.2663-0.15340.8189-0.00870.12170.55140.110.39511.1154-18.7091-10.1668
102.196-0.8363-1.00823.58113.75984.02820.16050.47440.6447-0.66910.13580.099-0.6552-0.0334-0.2011.23910.08440.10570.66660.2380.59356.3058-10.9249-13.8982
111.0855-0.3822-0.27181.18190.08441.87210.24350.41450.2521-0.5513-0.02920.2422-0.5557-0.1058-0.20030.71540.06510.00550.45060.08930.41063.7655-16.276-5.4825
121.34450.0563-0.28680.93690.09890.80970.11010.1050.0371-0.1239-0.0344-0.0785-0.23650.0521-0.06660.4665-0.00080.00550.33990.00530.3355.6641-25.20897.3317
130.9424-0.7184-0.59581.14950.40250.72920.16190.20720.1386-0.1726-0.1133-0.0129-0.1677-0.0309-0.06690.3824-0.0051-0.01290.37130.00390.3287.5083-31.92793.7958
140.2441-0.17940.42192.3637-0.90620.87170.36380.3928-0.0395-0.6992-0.3504-0.47220.05310.3576-0.02490.44140.02290.08010.4944-0.00310.383517.4497-37.5149-2.2592
153.6060.14790.20684.48761.44064.43380.09131.0844-0.6706-0.6272-0.1867-0.58851.33280.43780.10870.75220.1470.10590.7633-0.14220.627125.135-62.417-4.718
161.3270.11-0.10254.0864-0.31291.0297-0.08280.40740.3965-0.32380.1347-0.3091-0.42020.3668-0.0070.80330.06780.02690.45170.13820.5238-8.1651-5.05098.3146
171.5034-0.1421-0.55691.3563-0.25931.8712-0.0401-0.09480.49550.00910.11460.315-0.7855-0.25780.01990.76050.2442-0.00070.42340.0780.5351-23.5688-4.573115.0319
181.27090.2556-0.41690.9099-0.04181.17660.06050.08050.2128-0.03080.0350.0662-0.312-0.1198-0.09380.4480.09140.00460.32360.04310.3339-12.6483-18.787319.1872
192.1405-0.35180.77410.20330.65384.4913-0.1070.6940.8504-1.01990.0093-0.6601-0.51481.30850.26321.0322-0.18190.16760.78030.20880.782319.4439-10.9926-3.7603
203.4188-0.8512-1.78670.98690.20273.2459-0.09650.07141.1607-0.0697-0.20511.2491-0.7545-0.76610.43650.490.1591-0.04740.671-0.09841.0385-38.113-27.491530.9771
213.03111.110.8065.1483-1.00713.3737-0.1786-1.09930.60710.9995-0.88980.6408-0.4737-0.84090.32480.56670.08970.00960.9839-0.21140.8386-42.6284-31.937636.8165
221.02380.7510.11411.75630.1791.12090.0309-0.03570.0922-0.055-0.04380.3596-0.086-0.3734-0.00720.25460.0609-0.02250.47360.01550.4108-33.6884-42.443329.1995
230.80480.48880.89510.9225-0.5574.9892-0.08230.23830.9257-0.0612-0.03010.2924-1.6205-0.65640.17221.08780.26410.04590.6391-0.03270.8824-21.8508-0.661327.0985
242.90351.2601-0.90011.6737-1.77472.0176-0.3923-0.3514-0.39250.0896-0.18921.11540.9181-1.29130.48350.5924-0.2690.22270.92-0.30521.0929-30.3292-68.999825.5389
253.6963-1.08291.0511.89120.79926.0238-0.3577-1.1107-0.82620.6813-0.15480.20921.9817-0.8083-0.10760.8673-0.32380.25830.7503-0.08321.0771-26.1382-78.580924.9598
261.02630.77450.32661.1225-0.09630.62430.2895-0.1506-0.31870.07610.03690.14570.172-0.12110.65140.756-0.61260.38751.0431-0.71251.6661-32.2844-80.765618.8024
271.307-0.6105-0.16451.14340.30421.308-0.06810.3666-0.5603-0.0841-0.21890.42740.4115-0.39190.21890.4172-0.11650.02970.448-0.18490.6477-14.912-74.411212.1421
280.7975-0.8919-0.9650.95550.90921.9711-0.1740.17-0.31160.0633-0.0410.14620.1328-0.42160.18020.2744-0.0423-0.00160.3838-0.03830.4225-15.8529-60.229722.4284
295.0887-1.30810.27976.0363-0.62574.6501-0.2075-0.81210.46250.6815-0.18121.2981-0.4399-1.58230.40240.52450.02180.1160.9778-0.14170.73-40.03-46.626244.189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 19 )A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 41 )A20 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 102 )A42 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 198 )A103 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 217 )A199 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 41 )B19 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 52 )B42 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 65 )B53 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 79 )B66 - 79
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 80 through 114 )B80 - 114
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 115 through 156 )B115 - 156
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 157 through 180 )B157 - 180
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 181 through 198 )B181 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 199 through 217 )B199 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 19 )C1 - 19
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 20 through 102 )C20 - 102
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 103 through 198 )C103 - 198
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 199 through 223 )C199 - 223
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 18 )D1 - 18
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 19 through 41 )D19 - 41
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 42 through 198 )D42 - 198
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 199 through 223 )D199 - 223
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 19 )E1 - 19
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 20 through 41 )E20 - 41
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 42 through 52 )E42 - 52
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 53 through 142 )E53 - 142
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 143 through 198 )E143 - 198
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 199 through 217 )E199 - 217

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る