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Yorodumi- PDB-3s1x: Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-sed... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s1x | ||||||
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Title | Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-sedoheptulose 7-phosphate Schiff-base intermediate | ||||||
Components | Probable transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2011 Title: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism. Authors: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s1x.cif.gz | 468.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s1x.ent.gz | 386 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s1x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s1x_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s1x_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 3s1x_validation.xml.gz | 54.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3s1x_validation.cif.gz | 79.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3s0cSC 3s1uC 3s1vC 3s1wC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24494.545 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: Ta0616, tal / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Star / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase #2: Chemical | ChemComp-I22 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLAS | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: hanging drop / pH: 4.5 Details: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2010 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→19.916 Å / Num. all: 152106 / Num. obs: 152106 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.346 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 26.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB entry 3S0C Resolution: 1.65→19.916 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / Phase error: 20.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.375 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.65 Å2 / Biso mean: 31.8447 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.916 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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