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Yorodumi- PDB-6yr3: 1.48 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yr3 | ||||||
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Title | 1.48 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate | ||||||
Components | Probable transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING / TIM BARREL / SCHIFF BASE / Large-scale motions / Substrate binding / rate-determining product release | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.48 Å | ||||||
Authors | Sautner, V. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Large-scale motions underlie physical but not chemical steps in transaldolase mechanism: Substrate binding by conformational selection and rate-determining product release Authors: Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Klaus, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yr3.cif.gz | 489.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yr3.ent.gz | 406.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yr3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yr3_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6yr3_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 6yr3_validation.xml.gz | 53 KB | Display | |
Data in CIF | 6yr3_validation.cif.gz | 76.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yreC 6yrhC 6yrmC 6yrtC 6ys0C 3s0cS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24494.545 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (acidophilic) Gene: tal, Ta0616 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase #2: Chemical | ChemComp-F6R / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 188 mM ammonium acetate pH 4.4, 10% (w/v) PEG 6000 and 25% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.82661 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82661 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.48→32.288 Å / Num. obs: 208603 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.229 % / Biso Wilson estimate: 24.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.096 / Net I/σ(I): 11.46 / Num. measured all: 673583 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3S0C Resolution: 1.48→32.288 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.3 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.87 Å2 / Biso mean: 34.4768 Å2 / Biso min: 16.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.48→32.288 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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