PDB-3s1w: Transaldolase variant Lys86Ala from Thermoplasma acidophilum in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s1w

タイトル

Transaldolase variant Lys86Ala from Thermoplasma acidophilum in complex with glycerol and citrate

要素

Probable transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / DOMAIN SWAPPING / PROTEIN DYNAMICS / CONFORMATIONAL SELECTION

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
著者: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.

履歴

登録	2011年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年9月4日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s1w.cif.gz	451 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s1w.ent.gz	372.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s0cSC 3s1uC 3s1vC 3s1xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrh-1 3s1v-1 6yrm-1 6yre-1 3s0c-1 6ys0-1 3s1x-1 3s1u-1 5zol-d 4xz9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

124 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.080, 168.670, 97.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-661- HOH

#1: タンパク質	Probable transaldolase 分子量: 24436.441 Da / 分子数: 5 / 変異: K86A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) 株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 遺伝子: Ta0616, tal / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLASMA ACIDOPHILUM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→19.74 Å / Num. all: 110627 / Num. obs: 110627 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 30.382 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 25.62

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.9	0.459	3.88	82483	16435	1	99.9
1.9-2	0.278	6.29	67018	13323	1	99.9
2-2.2	0.143	11.61	100426	19949	1	100
2.2-3.12	0.051	27.67	198690	39388	1	99.9
3.12-3.58	0.025	51.01	36180	7248	1	100
3.58-4.04	0.021	61.51	21499	4331	1	99.9
4.04-4.5	0.019	68.73	13628	2758	1	99.7
4.5-14	0.016	75.77	33944	7078	1	99.1
14-17	0.02	36.36	157	75	1	65.8
17-20	0.062	5.14	102	42	1	70

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3S0C

3s0c

解像度: 1.8→19.447 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2083	5529	5 %	RANDOM
R_work	0.1762	-	-	-
obs	0.1778	110566	99.79 %	-
all	-	110566	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.274 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.98 Å² / B_iso mean: 29.4703 Å² / B_iso min: 10.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.3179 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.641 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.6769 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8575	0	95	777	9447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	12138
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1545
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.665	3342

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.346	183	0.2881	3480	3663	100
1.8205-1.8419	0.323	183	0.2774	3460	3643	100
1.8419-1.8643	0.3215	181	0.27	3450	3631	100
1.8643-1.8879	0.3131	185	0.2479	3510	3695	100
1.8879-1.9127	0.2897	182	0.2349	3468	3650	100
1.9127-1.9389	0.2486	183	0.2223	3461	3644	100
1.9389-1.9665	0.2845	183	0.2095	3482	3665	100
1.9665-1.9959	0.2359	184	0.1961	3501	3685	100
1.9959-2.027	0.2533	183	0.1942	3478	3661	100
2.027-2.0602	0.2299	184	0.1889	3492	3676	100
2.0602-2.0957	0.2168	182	0.1752	3461	3643	100
2.0957-2.1338	0.2237	184	0.1723	3491	3675	100
2.1338-2.1748	0.2005	184	0.1677	3498	3682	100
2.1748-2.2191	0.2103	183	0.1708	3473	3656	100
2.2191-2.2673	0.2197	184	0.1738	3508	3692	100
2.2673-2.3199	0.2262	184	0.1729	3484	3668	100
2.3199-2.3778	0.2077	183	0.1732	3484	3667	100
2.3778-2.442	0.2079	183	0.175	3474	3657	100
2.442-2.5137	0.228	186	0.1732	3527	3713	100
2.5137-2.5947	0.2012	184	0.1706	3503	3687	100
2.5947-2.6872	0.2087	184	0.1781	3500	3684	100
2.6872-2.7945	0.2042	186	0.1707	3522	3708	100
2.7945-2.9213	0.1871	184	0.1628	3504	3688	100
2.9213-3.0747	0.1804	185	0.1622	3523	3708	100
3.0747-3.2665	0.2262	186	0.17	3525	3711	100
3.2665-3.5174	0.1909	186	0.1741	3536	3722	100
3.5174-3.8688	0.1885	186	0.1581	3534	3720	100
3.8688-4.4229	0.1677	188	0.1478	3564	3752	100
4.4229-5.5508	0.1747	189	0.1646	3590	3779	100
5.5508-19.4476	0.2068	187	0.1893	3554	3741	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.18	0.0611	-0.4425	0.9753	-0.5302	1.4653	-0.0404	0.2266	-0.2412	-0.3407	-0.0341	-0.0246	0.4022	-0.0772	0.0607	0.2483	0.0233	0.0008	0.1521	-0.0855	0.1513	8.554	-59.6759	-3.2873
2	1.107	-0.3481	-0.173	1.057	0.2317	0.8531	0.1404	0.2643	0.0968	-0.1891	-0.1249	-0.0787	-0.1158	0.0233	-0.0198	0.1834	0.0444	0.0274	0.192	0.0357	0.1234	10.1768	-24.0302	-4.2298
3	0.7017	-0.1089	0.0482	0.8119	0.1305	0.8552	0.0053	0.0202	0.1444	-0.0881	-0.011	0.025	-0.1338	-0.0649	0.0037	0.152	0.0362	0.0054	0.0912	0.0207	0.1261	-16.5965	-11.5131	15.8698
4	1.2077	0.8186	0.2642	1.1999	-0.0534	0.9879	0.0423	-0.0742	0.182	0.0028	-0.0273	0.2663	-0.0674	-0.242	-0.0007	0.0542	0.0065	-0.0022	0.1519	0.006	0.137	-34.3913	-39.3356	29.5741
5	1.0048	-0.5033	-0.0686	1.0287	0.4376	1.2448	-0.0049	0.0727	-0.3654	0.0406	-0.1196	0.261	0.2155	-0.2622	0.1072	0.1454	-0.0538	-0.0188	0.1404	-0.0573	0.2877	-18.8017	-69.0497	17.8759
6	0.2868	0.1634	0.0884	0.321	0.3855	0.6657	0.1236	-0.2113	-0.7007	0.2836	-0.1901	0.3546	0.6016	-0.1164	-0.039	0.4116	-0.0674	-0.0245	0.2018	-0.0138	0.5686	-13.794	-83.5566	21.0915
7	0.7789	-0.1851	-0.0464	0.6165	-0.2479	0.1877	0.0117	0.554	-0.24	-0.2463	-0.0617	-0.2475	0.3207	0.317	0.0821	0.3351	0.1191	0.0769	0.3846	-0.1145	0.2751	23.4179	-62.2619	-7.7455
8	0.645	-0.3412	-0.0411	0.4737	-0.4192	1.381	0.1567	0.099	0.3387	-0.1703	-0.1653	-0.3951	-0.3917	0.1181	-0.0436	0.3299	0.0071	0.1148	0.2206	0.098	0.2643	18.7716	-10.9015	-3.8234
9	1.1247	-0.193	0.5864	0.0879	-0.186	0.7521	-0.129	-0.1034	0.413	0.0483	0.1066	-0.01	-0.5852	-0.342	0.0357	0.3326	0.0985	-0.0019	0.2178	-0.0234	0.2533	-21.377	-0.8862	26.0563
10	0.1319	0.1667	-0.0768	1.2772	-0.2069	1.8315	0.0408	-0.3176	0.1583	0.1593	0.0032	0.3972	-0.0549	-0.7186	-0.0504	0.2168	-0.0403	0.0313	0.4598	0.0107	0.298	-42.0106	-45.416	41.8128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1:198)	A	1 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 1:198)	B	1 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESID 1:198)	C	1 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND (RESID 1:198)	D	1 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E AND (RESID 1:198)	E	1 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 199:230)	A	199 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 199:230)	B	199 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 199:230)	C	199 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESID 199:230)	D	199 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN E AND (RESID 199:230)	E	199 - 230

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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