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Yorodumi- PDB-3s1w: Transaldolase variant Lys86Ala from Thermoplasma acidophilum in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s1w | ||||||
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Title | Transaldolase variant Lys86Ala from Thermoplasma acidophilum in complex with glycerol and citrate | ||||||
Components | Probable transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / DOMAIN SWAPPING / PROTEIN DYNAMICS / CONFORMATIONAL SELECTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2011 Title: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism. Authors: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s1w.cif.gz | 451 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s1w.ent.gz | 372.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s1w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s1w_validation.pdf.gz | 502.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s1w_full_validation.pdf.gz | 525.5 KB | Display | |
Data in XML | 3s1w_validation.xml.gz | 52.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3s1w_validation.cif.gz | 73 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3s0cSC 3s1uC 3s1vC 3s1xC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24436.441 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: K86A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: Ta0616, tal / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Star / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-FLC / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLAS | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: hanging drop / pH: 4.5 Details: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2008 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→19.74 Å / Num. all: 110627 / Num. obs: 110627 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.382 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 25.62 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB entry 3S0C Resolution: 1.8→19.447 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / Phase error: 21.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.274 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.98 Å2 / Biso mean: 29.4703 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.447 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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