+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s0c | ||||||
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Title | Transaldolase wt of Thermoplasma acidophilum | ||||||
Components | Probable transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / DOMAIN SWAPPING / PROTEIN DYNAMICS / CONFORMATIONAL SELECTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2011 Title: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism. Authors: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s0c.cif.gz | 473.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s0c.ent.gz | 392.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s0c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s0c_validation.pdf.gz | 478.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s0c_full_validation.pdf.gz | 511.7 KB | Display | |
Data in XML | 3s0c_validation.xml.gz | 54.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3s0c_validation.cif.gz | 78.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3s1uC 3s1vC 3s1wC 3s1xC 1wx0S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24494.545 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: Ta0616, tal / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Star / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLAS | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: hanging drop / pH: 4.5 Details: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→34.199 Å / Num. all: 121135 / Num. obs: 121135 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1WX0 Resolution: 1.78→34.191 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.99 / Phase error: 22.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.783 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→34.191 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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