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Yorodumi- PDB-4xz9: Transaldolase variant E60Q/F132Y from T. acidophilum in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xz9 | |||||||||
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Title | Transaldolase variant E60Q/F132Y from T. acidophilum in complex with DHA Schiff base and G3P | |||||||||
Components | Probable transaldolase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / TIM barrel / Schiff base | |||||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Sautner, V. / Tittmann, K. | |||||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Converting Transaldolase into Aldolase through Swapping of the Multifunctional Acid-Base Catalyst: Common and Divergent Catalytic Principles in F6P Aldolase and Transaldolase. Authors: Sautner, V. / Friedrich, M.M. / Lehwess-Litzmann, A. / Tittmann, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xz9.cif.gz | 473.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xz9.ent.gz | 394.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xz9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xz9_validation.pdf.gz | 505.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xz9_full_validation.pdf.gz | 518.2 KB | Display | |
Data in XML | 4xz9_validation.xml.gz | 50.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4xz9_validation.cif.gz | 71.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xz9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3socS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 24509.561 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: E60Q, F132Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: tal, Ta0616 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase |
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-Non-polymers , 5 types, 763 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 200 mM ammonium acetate pH 4.4, 10% (w/v) PEG 6000 and 25% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→49.1 Å / Num. obs: 118576 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.64 % / Biso Wilson estimate: 26.61 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 23.26 / Num. measured all: 668834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SOC Resolution: 1.8→49.078 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.3 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→49.078 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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