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Yorodumi- PDB-6yrh: Transaldolase variant T30C/D211C from T. acidophilum in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yrh | ||||||
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Title | Transaldolase variant T30C/D211C from T. acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate | ||||||
Components | Probable transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING / TIM BARREL / SCHIFF BASE / Large-scale motions / Substrate binding / rate-determining product release | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Large-scale motions underlie physical but not chemical steps in transaldolase mechanism: Substrate binding by conformational selection and rate-determining product release Authors: Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Klaus, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yrh.cif.gz | 457.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yrh.ent.gz | 378.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yrh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yrh_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6yrh_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 6yrh_validation.xml.gz | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6yrh_validation.cif.gz | 63.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yr3C 6yreC 6yrmC 6yrtC 6ys0C 3s0cS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24484.639 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: tal, Ta0616 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9HKI3, transaldolase #2: Chemical | ChemComp-F6R / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 188 mM ammonium acetate (pH 4.4), 10% (w/v) PEG 6000, and 25% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.85 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.567 Å / Num. obs: 118742 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.026 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 13.29 / Num. measured all: 952991 / Scaling rejects: 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3S0C Resolution: 1.8→47.567 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.73 Å2 / Biso mean: 52.2085 Å2 / Biso min: 26.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→47.567 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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