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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rxf | ||||||
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タイトル | Fructose-6-phosphate aldolase Y131F from E.coli | ||||||
要素 | Fructose-6-phosphate aldolase 1 | ||||||
キーワード | LYASE / Tim barrel / homodecamer / FSAA TalB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: ChemCatChem / 年: 2015 タイトル: Acid Base Catalyst Discriminates between a Fructose 6-Phosphate Aldolase and a Transaldolase 著者: Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rxf.cif.gz | 395.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rxf.ent.gz | 325.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rxf_validation.pdf.gz | 488.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rxf_full_validation.pdf.gz | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rxf_validation.xml.gz | 69.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rxf_validation.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23829.637 Da / 分子数: 10 / 変異: Y131F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0825, fsa, fsaA, JW5109, mipB, ybiZ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS* 参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % |
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結晶化 | 温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19% PEG3350, 0.1M HEPES pH 8, 0.2M LiCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91844 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91844 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→101.49 Å / Num. all: 91562 / Num. obs: 91562 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1L6W 解像度: 2.4→101.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 8.099 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→101.49 Å
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拘束条件 |
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