[日本語] English
万見
- PDB-6yrh: Transaldolase variant T30C/D211C from T. acidophilum in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yrh
タイトルTransaldolase variant T30C/D211C from T. acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate
要素Probable transaldolase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING / TIM BARREL / SCHIFF BASE / Large-scale motions / Substrate binding / rate-determining product release
機能・相同性
機能・相同性情報


transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 3B, putative / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / Probable transaldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Large-scale motions underlie physical but not chemical steps in transaldolase mechanism: Substrate binding by conformational selection and rate-determining product release
著者: Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Klaus, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,57221
ポリマ－122,4235
非ポリマー2,14816
水8,719484
1
A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子

A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,14342
ポリマ－244,84610
非ポリマー4,29732
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area48320 Å2
ΔGint-382 kcal/mol
Surface area75870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.490, 172.040, 100.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

GOL

21C-304-

ACT

31C-304-

ACT

41E-489-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Probable transaldolase


分子量: 24484.639 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: tal, Ta0616 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物
ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸


分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 188 mM ammonium acetate (pH 4.4), 10% (w/v) PEG 6000, and 25% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.567 Å / Num. obs: 118742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.026 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 13.29 / Num. measured all: 952991 / Scaling rejects: 25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.97.8011.9141.04176120.5032.05100
1.9-28.4791.1191.93142870.781.191100
2-2.18.3480.6583.29116970.9020.702100
2.1-2.28.1180.3965.1296970.9640.423100
2.2-2.37.5510.2756.8380870.9790.295100
2.3-2.48.3380.2049.2767990.9890.218100
2.4-2.58.4570.16811.1157320.9910.179100
2.5-57.8930.05225.41390160.9990.055100
5-107.6120.03345.5450450.9990.03599.9
10-207.6150.02854.396720.9990.0399.7
20-504.1430.02939.09980.9980.03395.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S0C

3s0c


解像度: 1.8→47.567 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 5935 5 %
Rwork0.1773 --
obs0.1788 118705 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.73 Å2 / Biso mean: 52.2085 Å2 / Biso min: 26.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8428 0 141 484 9053
Biso mean--47.2 50.42 -
残基数----1095
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8-1.82050.4051940.38263674
1.8205-1.84190.42551970.37543759
1.8419-1.86430.35241970.35353745
1.8643-1.88790.34561950.32793699
1.8879-1.91280.29611950.30623714
1.9128-1.9390.35161950.2933739
1.939-1.96670.29331960.27513716
1.9667-1.9960.30421980.25363751
1.996-2.02720.27451960.24183729
2.0272-2.06050.25431970.23833743
2.0605-2.0960.27841970.22243736
2.096-2.13410.25691960.2223735
2.1341-2.17520.24551960.21093726
2.1752-2.21960.22661970.19153742
2.2196-2.26780.2211980.18843746
2.2678-2.32060.23251970.18633759
2.3206-2.37860.2191960.17883717
2.3786-2.44290.22171980.18423748
2.4429-2.51480.25241980.18173773
2.5148-2.5960.21811970.17423746
2.596-2.68870.2371980.18573756
2.6887-2.79640.22511990.18373773
2.7964-2.92360.2061970.17063759
2.9236-3.07770.20991990.17673776
3.0777-3.27050.20621990.17263773
3.2705-3.5230.21721990.16813783
3.523-3.87740.17762000.15293801
3.8774-4.43810.16282010.13993821
4.4381-5.59010.15932030.14473855
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1099-2.00630.04033.87782.99372.8661-0.29390.5777-0.6761-0.06440.0989-0.06771.5329-0.39120.15980.9837-0.09160.18730.4374-0.08740.52175.0561-72.2734-0.8202
22.73821.12530.84912.76681.82476.53190.0118-0.2267-1.5187-0.1976-0.0972-0.62261.88280.3780.05270.95550.02060.15340.5341-0.10540.699811.6013-73.1439-4.1004
32.07920.87593.0062.60641.36914.3512-0.38050.8144-1.2343-1.0479-0.3307-0.16080.6612-0.0306-0.23321.38-0.21110.38010.7083-0.36120.84479.7644-74.2271-12.8471
44.8136-1.7693-2.06554.3546-1.18765.9946-0.20510.6295-0.6502-0.28730.0089-0.44140.6905-0.05530.18730.6523-0.0240.08130.4914-0.15920.416311.7245-62.968-10.5232
52.9085-0.0433-1.11812.87050.27295.2508-0.21330.5945-0.5487-1.02080.0687-0.30210.4012-0.51310.10020.6222-0.04780.12230.57-0.15480.361512.7417-58.7387-16.3268
69.09581.88198.98128.1913.0849.2371-0.53040.55060.3833-0.99390.3637-0.2281-1.1890.04390.14530.6631-0.00880.08740.5678-0.01460.315812.9803-49.1225-14.6732
72.24620.373-1.30045.4158-0.4332.6529-0.06080.38-0.0877-0.26050.0120.11270.1232-0.17670.05020.283-0.02750.01680.3768-0.05070.28439.722-51.8038-5.0698
87.3772-5.46852.95866.2782-3.55192.667-0.0067-0.0247-0.1793-0.01020.0580.0868-0.04910.0783-0.04640.2669-0.03520.02010.3288-0.04960.28329.7538-50.71988.1525
91.5140.1709-0.88574.208-3.46644.398-0.1520.0038-0.356-0.39940.071-0.01980.5207-0.00390.07780.3302-0.03980.020.3222-0.09390.37064.2109-62.57017.4039
108.96215.1619-1.26183.779-2.95426.00550.0259-0.0475-1.23910.68180.38050.18390.7372-0.9345-0.41670.7299-0.07450.06210.58720.00520.9355-12.4031-84.832822.7683
116.7843-0.3171-2.57796.81110.86486.55560.2340.2977-0.0892-0.4703-0.3528-0.61080.05320.40010.09590.50030.02050.07020.54390.07360.409518.0079-32.5187-10.5973
122.267-0.28441.42965.25490.71114.87390.14550.65040.3778-0.4876-0.2106-0.6769-0.3170.7990.05120.60630.00150.18180.65580.130.466820.1246-23.8975-13.4279
133.6158-1.5307-0.0465.14340.3122.17670.3480.48050.4793-0.6201-0.2688-0.3331-0.78220.1341-0.18020.67750.0510.12990.53580.15280.406611.2563-18.3656-9.9184
142.1673-0.6040.27331.4163-0.63130.8680.27470.64850.4902-0.7442-0.12350.2189-1.0239-0.1743-0.070.87690.01510.06140.5170.14940.40156.8731-13.7072-11.563
154.5795-0.85230.84943.97060.51445.79230.169-0.13160.5416-0.6933-0.30240.5021-1.0495-0.7923-0.04110.80050.1040.02320.48520.16880.55730.049-11.1768-4.6052
164.4535-0.6625-1.0383.98711.73611.00280.10350.28510.0595-0.3581-0.070.3175-0.2356-0.0698-0.01990.44190.0240.01010.29390.05250.29923.4084-19.9918-0.211
172.18360.82131.06031.88790.33180.68380.1336-0.0939-0.03310.0075-0.0419-0.1652-0.26570.0695-0.1110.4377-0.01920.01430.34220.00310.32487.5672-27.488510.3067
183.8361-2.6789-1.4353.06740.66631.13510.13530.16850.0619-0.187-0.117-0.0267-0.09970.0836-0.00110.3344-0.0422-0.00890.31580.00440.2467.5666-31.88733.9784
192.57860.56330.17338.9971-3.60923.84130.40040.28840.1289-0.7053-0.6229-1.1002-0.0120.52060.21960.3693-0.00780.01720.4001-0.00710.27517.5406-37.4221-2.0329
203.87850.49240.9524.07294.10114.3405-0.33810.5362-0.8792-0.23040.234-0.28290.63710.8250.01990.59290.04190.12950.7083-0.08940.676425.3282-62.5474-5.2161
213.56130.11950.1316.6303-1.17862.998-0.120.44890.6541-0.5595-0.0903-0.5975-0.48750.17570.18970.76290.0750.01040.39740.14050.5769-8.6116-5.01458.8026
222.67490.03370.80764.1005-1.19471.8973-0.2871-0.14541.08320.69040.02260.0101-0.89990.30560.05070.86380.0956-0.06570.39050.06690.6325-12.71080.317414.2155
231.9470.38760.51912.2521-0.96630.67420.26330.05691.0306-0.31370.06620.0937-1.0828-0.2438-0.06671.01860.2250.0210.29960.10830.5325-21.0738-1.730411.9311
242.1361-0.0115-0.1623.3817-1.41462.8141-0.09860.02210.163-0.08590.10390.9002-0.5525-0.5089-0.12090.67480.2595-0.07150.470.04390.5458-29.1981-7.177415.2403
252.7429-0.21840.40123.3716-0.92542.9874-0.00770.04820.2099-0.0280.08970.3417-0.2823-0.4848-0.07410.42010.14930.01260.38210.05560.3858-25.6776-17.127219.4678
261.92511.40380.51542.00161.41621.67740.02490.024-0.08160.06090.1098-0.1894-0.17780.1073-0.02420.41940.06390.02140.31740.02920.3282-11.9751-23.527224.0039
272.23070.352-0.54560.85210.00240.94040.03430.23570.2378-0.11480.0694-0.0373-0.31160.0307-0.05880.49780.05510.01430.31520.0440.3283-6.079-16.139415.0852
282.70050.6322-1.50021.48240.03442.9573-0.0390.61570.2179-0.76010.1054-0.7896-0.7180.8502-0.08480.8955-0.16290.08990.60520.09780.647619.5712-10.9017-4.1873
298.814-4.9884-2.0287.2033-1.03346.714-0.26320.18961.20850.0018-0.2760.8609-1.0049-1.13950.40670.43940.1259-0.14090.6237-0.10890.9409-37.7698-26.830230.8203
304.4887-0.12032.81475.4053-1.47683.6642-0.229-1.00140.62151.0843-0.28880.5907-0.5041-0.9560.13960.55330.09870.03660.7508-0.16290.7016-42.9385-33.208437.1125
317.7516-5.4452.79624.7802-1.75383.17450.1731-1.15420.99030.41540.30240.9279-0.5002-1.4163-0.45240.4230.1561-0.0130.9189-0.13810.8594-49.95-32.917531.9086
323.26614.7797-1.37158.1374-0.72742.6390.2706-0.14630.5544-0.0662-0.14351.2127-0.1656-0.3038-0.25510.25670.1287-0.03910.7599-0.01950.6348-43.1761-42.393130.5816
335.7064-4.59451.28848.3698-1.49984.5969-0.0051-0.8809-0.0193-0.39670.32861.5379-0.0354-1.0398-0.25490.3001-0.0563-0.03150.7701-0.00430.6078-48.9853-49.613627.7147
348.8995-5.94424.32495.0492-5.06887.4302-0.25920.09510.0449-0.29360.26720.6286-0.1783-0.46060.02070.28190.0006-0.11990.54820.03060.494-40.8827-44.798927.609
355.98970.13354.8636.9706-1.31389.86390.01620.311-0.6116-0.1646-0.03410.41470.7941-0.10520.00320.3353-0.0240.0150.51090.00430.582-40.0327-55.528725.4529
362.0668-0.6371-1.2643.5364-0.24651.7328-0.130.04610.0836-0.28840.0230.3840.0651-0.4332-0.01570.2460.0097-0.05910.46520.0190.3905-36.1265-47.42427.1129
371.2497-0.4477-1.3983.00520.27391.6934-0.0135-0.0602-0.0886-0.0395-0.0040.1468-0.114-0.30930.03870.19670.0041-0.01750.4090.00190.3883-29.9189-48.955126.4967
380.86970.2448-0.1651.04032.13318.99410.04440.0142-0.0205-0.01360.0338-0.1141-0.1377-0.0003-0.06790.28740.0244-0.01420.3650.02620.3713-20.4945-43.92931.5058
390.52730.1279-0.01244.22571.64341.93240.02580.1266-0.001-0.0765-0.0540.0261-0.2102-0.27870.03470.22190.082-0.00680.37630.03760.3111-24.0427-38.155327.6236
403.50073.2942-0.22836.03611.27891.80050.2253-0.35010.64160.1211-0.43731.2093-0.4915-0.14950.21960.3750.08610.00670.4333-0.010.4589-28.229-26.851932.0957
413.8949-0.5428-1.04147.3482-4.0664.87190.0041-0.00240.7964-0.55660.2252-0.0798-1.1003-0.3521-0.21140.96490.1786-0.0130.4382-0.06850.567-20.549-1.162728.4638
424.9275-0.77981.74870.2277-0.74514.26090.0824-0.8835-0.77460.3542-0.25840.94151.0655-1.02090.0090.6542-0.24680.20080.7446-0.16661.0414-28.0584-73.760125.095
430.82870.25970.47531.2689-0.28250.6630.3695-0.0356-0.58760.00630.16320.40950.3801-0.2480.73160.7598-0.92250.40290.9152-0.93051.7203-32.0443-80.70818.6312
442.67211.227-0.26771.69291.10662.6338-0.08870.553-0.65530.0887-0.36480.83020.3849-0.50330.37150.5781-0.16690.02260.5059-0.24270.906-20.4822-79.060710.5212
454.34421.71372.02156.15020.42346.9471-0.06910.8409-1.0805-0.8139-0.1593-0.37040.2679-0.11020.20720.577-0.07430.05990.5224-0.25120.57-11.9973-76.17223.9214
462.71830.1368-0.93794.8110.31572.40930.01930.2665-0.301-0.1134-0.15880.28540.1003-0.35360.1270.2862-0.046-0.00570.3622-0.10950.4202-12.4595-69.278111.6075
470.5583-1.11530.22885.9965-5.00875.8618-0.11930.0789-0.0880.13610.0080.0817-0.0673-0.16720.12270.2562-0.0179-0.00360.3084-0.04030.3844-7.3825-61.353321.6605
481.5581-0.2297-2.81391.22120.4575.4247-0.10030.1965-0.1318-0.0414-0.00850.17230.0456-0.44360.12330.2126-0.0378-0.02270.3503-0.03070.3987-15.0691-60.134620.9097
492.1516-1.7009-3.00383.20242.66937.7471-0.64250.4003-0.78660.587-0.31590.57060.9364-1.15410.87060.3765-0.09740.08460.4889-0.06090.5369-24.5263-62.387129.3884
502.3126-3.63341.82026.3449-1.87047.7408-0.3294-0.7945-0.24050.33120.19370.9163-0.4602-1.53470.11070.48160.04460.07150.8159-0.02040.5216-40.9002-46.65944.0604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 41 )A18 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 52 )A42 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 65 )A53 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 90 )A66 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 91 through 102 )A91 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 103 through 132 )A103 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 133 through 157 )A133 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 158 through 198 )A158 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 199 through 218 )A199 - 218
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 19 through 52 )B19 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 53 through 65 )B53 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 90 )B66 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 102 )B91 - 102
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 103 through 132 )B103 - 132
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 133 through 156 )B133 - 156
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 157 through 180 )B157 - 180
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 181 through 198 )B181 - 198
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 199 through 218 )B199 - 218
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 18 )C1 - 18
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 19 through 41 )C19 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 42 through 65 )C42 - 65
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 66 through 90 )C66 - 90
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 91 through 132 )C91 - 132
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 133 through 157 )C133 - 157
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 158 through 198 )C158 - 198
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 199 through 223 )C199 - 223
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 19 )D1 - 19
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 20 through 41 )D20 - 41
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 42 through 52 )D42 - 52
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 53 through 65 )D53 - 65
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 66 through 79 )D66 - 79
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 80 through 90 )D80 - 90
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 91 through 102 )D91 - 102
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 103 through 114 )D103 - 114
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 115 through 132 )D115 - 132
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 133 through 156 )D133 - 156
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 157 through 180 )D157 - 180
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 181 through 198 )D181 - 198
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 199 through 218 )D199 - 218
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 1 through 41 )E1 - 41
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 42 through 52 )E42 - 52
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 53 through 90 )E53 - 90
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 91 through 102 )E91 - 102
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 103 through 132 )E103 - 132
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'E' and (resid 133 through 156 )E133 - 156
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'E' and (resid 157 through 180 )E157 - 180
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'E' and (resid 181 through 198 )E181 - 198
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'E' and (resid 199 through 218 )E199 - 218

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る