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- PDB-6yra: Crystal structure of ATP-dependent caprolactamase from Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yra
タイトルCrystal structure of ATP-dependent caprolactamase from Pseudomonas jessenii
要素
  • 5-oxoprolinase
  • Hydantoinase
キーワードHYDROLASE / Caprolactam hydrolase / nylon 6 monomer / 6-aminocaproic acid / 5-oxoproline / phosphocaprolactam / carboxyphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミドに作用 / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase, N-terminal / Oxoprolinase family / : / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase N-terminal region / Hydantoinase/oxoprolinase C-terminal domain / Hydantoinase A/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Caprolactamase subunit alpha / Caprolactamase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas jessenii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Catalytic and structural properties of ATP-dependent caprolactamase from Pseudomonas jessenii.
著者: Marjanovic, A. / Rozeboom, H.J. / de Vries, M.S. / Mayer, C. / Otzen, M. / Wijma, H.J. / Janssen, D.B.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hydantoinase
A: 5-oxoprolinase
D: Hydantoinase
C: 5-oxoprolinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,5726
ポリマ－276,4414
非ポリマー1312
水00
1
B: Hydantoinase
A: 5-oxoprolinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2863
ポリマ－138,2202
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area48820 Å2
手法PISA
2
D: Hydantoinase
C: 5-oxoprolinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2863
ポリマ－138,2202
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area49910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.377, 167.367, 87.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN C
112(CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 281 OR RESID 283 THROUGH 580 OR RESID 600))
212(CHAIN D AND (RESID 2 THROUGH 281 OR RESID 283 THROUGH 580 OR RESID 600))

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Hydantoinase


分子量: 62799.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas jessenii (バクテリア)
遺伝子: CRX42_01180 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A2W0FH34
#2: タンパク質 5-oxoprolinase


分子量: 75420.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas jessenii (バクテリア)
遺伝子: CRX42_01175 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A2W0EVE0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M Na/K phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月30日
放射モノクロメーター: HeliosMX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→48.84 Å / Num. obs: 24725 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 4→4.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.252 / Num. unique obs: 4389 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.18 Å48.84 Å
Translation7.18 Å48.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9W, 5M45, 5SVB

5l9w

5m45

5svb


解像度: 4→48.84 Å / SU ML: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 1155 4.69 %
Rwork0.239 --
obs0.246 24622 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19263 0 2 0 19265
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A4234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C4234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B3500X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D3500X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.180.39281400.26342827X-RAY DIFFRACTION96
4.18-4.40.40821220.24612925X-RAY DIFFRACTION99
4.4-4.680.38751490.23992924X-RAY DIFFRACTION99
4.68-5.040.39171730.23922883X-RAY DIFFRACTION99
5.04-5.550.38611310.2672939X-RAY DIFFRACTION99
5.55-6.350.40881530.27122937X-RAY DIFFRACTION99
6.35-7.990.41281160.24722997X-RAY DIFFRACTION98
7.99-48.840.31961710.18183035X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26670.3830.44930.71380.0670.88890.00910.14030.1126-0.0869-0.11460.21450.091-0.02890.0840.1986-0.01040.07420.2573-0.01930.2699-55.1359.3584-23.4111
20.2358-0.31770.02341.7591-0.49810.26840.055-0.30060.01970.2879-0.02480.3966-0.0695-0.1725-0.02510.3926-0.00460.07180.44230.01060.3326-63.53793.612411.4579
30.8671-0.2036-0.01760.7957-0.4810.49360.01570.12050.1183-0.1833-0.0981-0.17090.01870.08460.09280.336-0.03970.03920.20470.00420.4207-18.014238.3696-36.4475
40.7997-0.05640.65010.2039-0.01951.3795-0.01410.05110.0978-0.067-0.0483-0.09860.1790.22050.06680.5051-0.00380.20560.39510.00130.62949.024225.7909-57.3327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'B' AND RESID 2 THROUGH 580)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'A' AND RESID 6 THROUGH 696)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'D' AND RESID 2 THROUGH 580)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN 'C' AND RESID 6 THROUGH 696)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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