+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l9w | ||||||
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Title | Crystal structure of the Apc core complex | ||||||
Components | (Acetophenone carboxylase ...) x 4 | ||||||
Keywords | LIGASE / Acetophenone carboxylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetophenone carboxylase / ligase activity / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aromatoleum aromaticum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Warkentin, E. / Weidenweber, S. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Structure of the acetophenone carboxylase core complex: prototype of a new class of ATP-dependent carboxylases/hydrolases. Authors: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Heider, J. #1: Journal: To Be Published Title: A new secondary structure in proteins: The G column, a bundle of glycine-rich type II polyproline helices Authors: Warkentin, E. / Weidenweber, S. / Schuehle, K. / Demmer, U. / Heider, J. / Ermler, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5l9w.cif.gz | 849.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5l9w.ent.gz | 729.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5l9w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Acetophenone carboxylase ... , 4 types, 4 molecules ABbC
#1: Protein | Mass: 75484.609 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (bacteria) Strain: EbN1 / References: UniProt: Q5P5G5, acetophenone carboxylase |
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#2: Protein | Mass: 80431.875 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (bacteria) Strain: EbN1 / References: UniProt: Q5P5G4, acetophenone carboxylase |
#3: Protein | Mass: 69935.141 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (bacteria) Strain: EbN1 / References: UniProt: Q5P5G2, acetophenone carboxylase |
#4: Protein | Mass: 15015.123 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (bacteria) Strain: EbN1 / References: UniProt: Q5P5G3, acetophenone carboxylase |
-Non-polymers , 5 types, 23 molecules
#5: Chemical | ChemComp-HG / #6: Chemical | ChemComp-K / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ADP / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.81 Å3/Da / Density % sol: 78.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 34 - 50 % (v/v) PEE, 0.1 M Hepes |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.008 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 121963 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 14 % / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.1 Å / Redundancy: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rrim(I) all: 2.42 / % possible all: 90.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.9→19.971 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→19.971 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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