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Yorodumi- PDB-5svb: Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxy... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5svb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxylase AMP bound structure | ||||||
Components | (Acetone carboxylase ...) x 3 | ||||||
Keywords | LIGASE / Acetone Carboxylase / ATP / AMP / manganese / zinc / acetoacetate | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationacetone carboxylase / acetone carboxylase activity / cellular detoxification of acetone / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Xanthobacter autotrophicus (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.645 Å | ||||||
Authors | Eilers, B.J. / Mus, F. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / Dubois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017Title: Structural Basis for the Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation. Authors: Mus, F. / Eilers, B.J. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / DuBois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5svb.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5svb.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5svb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5svb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5svb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5svb_validation.xml.gz | 120.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 5svb_validation.cif.gz | 155.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svb | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Acetone carboxylase ... , 3 types, 6 molecules ADBECF
| #1: Protein | Mass: 87706.445 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria)Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxB, Xaut_3510 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 80731.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria)Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxA, Xaut_3509 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 20033.199 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria)Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxC, Xaut_3511 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 325 molecules 








| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.98 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: 12-18%PEG 3350 and 0.2M MgSO4, pH and cryo was the addition of 15% glycerol PH range: 6.3-7.2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.987 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.645→39.623 Å / Num. obs: 115356 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 13.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.107 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 97.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.645→39.623 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.45 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.645→39.623 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Xanthobacter autotrophicus (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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